RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

在RNA研究领域，RNA承载着疾病的发生和发展。这里，RNA不仅包含非编码RNA，而且囊括蛋白质编码RNA。疾病对象不仅存在于动植物，而且还广泛分布在非动植物物种中。可以说，RNA与疾病之间的关系，呈现多RNA类型、多物种和多疾病类型。为了收集多RNA类型、多物种和多疾病类型的RNA与疾病关系，RNADisease v4.0（图1，http://www.rnadisease.org/）数据库应运而生。

图1 RNADisease v4.0主页

RNADisease v4.0数据库是熟悉的MNDR v3.0数据库升级版本，里面包含了3,428,058条 RNA-疾病关系数据，覆盖18种RNA类型、117个物种和4090 种疾病类型。相比于，MNDR v3.0数据库，其体量是原来的3倍。其次，RNADisease v4.0还可以使用三大转录组数据库（TCGA、ICGA和TARGET）对RNA进行差异表达分析、富集分析和预后分析（图2）。

图2 RNADisease v4.0癌症分析模块

再次，RNADisease v4.0还能够进行疾病富集分析（图3）。最后，RNADisease v4.0提供了四种预测工具（MDNNMTF用于预测miRNA-疾病关系、 GMCLDA用于预测lncRNA-疾病关系、CD-LNLP 用于预测circRNA-疾病关系、iPiDi-PUL用于预测piRNA-疾病关系）识别RNA-疾病关系。

图3 RNADisease v4.0疾病富集分析模块

RNADisease v4.0是一类综合性数据库（包含实验验证和计算机预测两种类型数据），里面RNA与疾病之间的关系於限于关联关系。究竟有多少RNA-疾病因果关系（例如那些生物验证实验室确定RNA与疾病之间的因果关系），还需要进一步筛选。

参考文献

[1] Chen J, Lin J, Hu Y, et al. RNADisease v4.0: an updated resource of RNA-associated diseases, providing RNA-disease analysis, enrichment and prediction. Nucleic Acids Res. 2022;gkac814. doi:10.1093/nar/gkac814

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