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EMT基因调控数据库:EMT-Regulome

已有 1852 次阅读 2022-12-24 17:26 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

EMT基因调控数据库:EMT-Regulome

 

在前两次,分别介绍了EMT标记物数据库EMTomeEMT基因数据库dbEMT(分别参见EMT标记物数据库:EMTomeEMT基因数据库:dbEMT)。以往研究表明, EMT受多个基因调控。那么,EMT相关的基因调控关系、基元(motifs)和网络又是怎样的呢?本次介绍一个EMT基因调控数据库EMT- Regulome(图1http://www.medsysbio.org/EMTRegulome)。

 

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1 EMT-Regulome主页

 

EMT-Regulome数据库依赖于其他许多调控关系数据库,例如EMT基因数据库dbEMTmiRNA-基因调控关系数据库、miRNA-lncRNA调控关系数据库、TF-基因调控关系数据库、TF-miRNA调控关系数据库和TF-lncRNA调控关系数据库。基于所收集的数据库资源,识别10种类型的3-基元(图2)。这些3-基元中至少有一个基因(编码基因、TFmiRNAlncRNA)与EMT相关,才被认为是EMT相关的3-基元。

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2 EMT-Regulome数据库构建流程图

 

EMT-Regulome仅仅专注于识别3-基元,如果是对某一种类型的3-基元感兴趣(例如后续验证),可以保留那些全部基因都与EMT相关的3-基元。当然,这些数据库资源也可用于识别EMT相关的4-基元(包含编码基因、TFmiRNAlncRNA四种元素),例如TF->miRNA-|Gene<-lncRNATF|-miRNA-|Gene<-lncRNATF->miRNA-|lncRNA->Gene

 

参考文献

[1] Zhao Z, Zhou W, Han Y, et al. EMT-Regulome: a database for EMT-related regulatory interactions, motifs and network. Cell Death Dis. 2017;8(6):e2872. doi:10.1038/cddis.2017.267

 

以往推荐如下:

1. 细胞特异性因果调控网络识别

2. 因果推理综述推荐一篇

3. miRNA活性识别之因果推理方法

4. miRNA协作之因果推理方法

5. 你想了解因果推理吗?

6. 因果学习工具:Causal ExplorerCausal Learner

7. 小样本学习

8. 样本异质性定量化

9. 生物标志物定义及其应用

10. 分子生物标志物数据库MarkerDB

11. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

12. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

13. miRNA靶基因预测工具:“我们到了哪里,又该往哪去?”

14. 人类细胞互作数据库:CITEdb

15. 单细胞数据中数据特异性差异表达基因识别

16. EMT标记物数据库:EMTome

17. EMT基因数据库:dbEMT

 

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