分子生物标志物数据库MarkerDB

生物标志物是生物学的路标，其作用等同于道路指示牌告诉驾驶员前方路发生了什么。在上次，已经介绍了生物标志物的定义及其应用（参见生物标志物定义及其应用）。本次说一下开源的分子生物标志物数据库MarkerDB（https://markerdb.ca/）。

MarkerDB数据库包含四大类分子生物标志物：化学分子、蛋白质、DNA和染色体组型，以及四种生物标志物子类别：诊断（diagnostic）、预测（predictive）、预后（prognostic）和暴露（exposure）。相关的数据信息还是很全面的（表1）。

表1 MarkerDB数据库内详细的数据内容

MarkerDB数据库（图1）是在线Web平台，所有的数据都可以免费搜索和下载。每条记录可以链接到其他数据库，方面查阅分子生物标志物的详细信息。

图1 MarkerDB数据库界面

生物标志物按照大类可以分为3种：分子层次（化学、蛋白质和基因）、细胞层次（细胞类型、细胞形态和组织学）和影像层次（X射线、CT、PET和MRI特征）。MarkerDB数据库只收集了分子层次的生物标志物，另外两个层次的生物标志物是后续努力的方向。

参考文献

[1] Wishart DS, Bartok B, Oler E, et al. MarkerDB: an online database of molecular biomarkers. Nucleic Acids Res. 2021;49(D1):D1259-D1267. doi:10.1093/nar/gkaa1067

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