miRspongeR 2.0版本来了

 miRspongeR工具包专门用于miRNA海绵或ceRNA研究，在前面的文章中（ceRNA！你是谁？为了谁？，ceRNA漫画，看吗？）已经阐明：miRNA海绵通过共享MREs（miRNA response elements)，能够竞争性的结合miRNA，进而削弱miRNA对靶基因mRNA蛋白合成的抑制，以提高蛋白质的表达量。这种调控模式在许多生理和病理过程中发挥重要角色作用。

 自从2019年发布miRspongeR 1.0版本以来[1]，miRspongeR一直在持续更新。2022年7月，miRspongeR 2.0版本终于与大家见面了。本次版本与上一个版本的最大区别有：每种识别方法都有了并行处理版本、能够识别样本特异性miRNA海绵或ceRNA竞争网络和模块、能够识别样本-样本关系网络。miRspongeR 2.0版本的具体框架如图1所示，与上一个版本的比较如表1所示。

图1 miRspongeR 2.0框架

表1 miRspongeR 2.0版本与miRspongeR 1.0版本比较

值得注意是，miRspongeR 1.0版本只接受bulk转录组数据，miRspongeR 2.0版本能够接受bulk转录组数据、单细胞转录组数据和空间转录组数据等。如果想从单细胞和空间层次水平研究miRNA或ceRNA，不妨试一下miRspongeR 2.0（https://bioconductor.org/packages/miRspongeR/）。

在使用的过程中，如果有疑问，可以在网址https://github.com/zhangjunpeng411/miRspongeR/issues中提问。

参考文献

[1] Zhang J, Liu L, Xu T, Xie Y, Zhao C, Li J, Le TD. miRspongeR: an R/Bioconductor package for the identification and analysis of miRNA sponge interaction networks and modules. BMC Bioinformatics. 2019 May 10;20(1):235. doi: 10.1186/s12859-019-2861-y.

[2] Zhang J, Liu L, Zhang W, Li X, Zhao C, Li S, Li J, Le TD, miRspongeR 2.0: an enhanced R package for exploring miRNA sponge regulation, Bioinformatics Advances, 2022;, vbac063, https://doi.org/10.1093/bioadv/vbac063

以往推荐如下：

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8. 四张图揭示环状RNAs的特性、细胞作用和潜在应用

9. 美国癌症研究协会AACR项目：GENIE

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