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TF靶标

已有 3420 次阅读 2022-4-5 12:32 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

TF靶标

转录因子（Transcription Factor，简称TF）是一类与基因5`端上游特定序列结合的蛋白质，它能够调控基因的转录，并且让其以特定的强度在特定的时间与空间进行表达。作为上游调控因子，TF主要分为两类：普遍转录因子（与RNA聚合酶Ⅱ共同组成转录起始复合体）、组织细胞特异性转录因子（受特异组织细胞或一些类固醇激素\生长因子或其它刺激）。对于哺乳动物（人类和鼠类），详细的TF分类可查询TFClass数据库（http://tfclass.bioinf.med.uni-goettingen.de/，图1）。

图1 TFClass数据库

在以前，已经介绍了TF还能够调控非编码基因miRNA（miRNA与TF互为调控）。除了调控miRNA，TF更感兴趣的是调控靶基因mRNA。在计算生物学中，预测TF靶标可以基于序列数据和转录组数据，或者整合序列和转录组数据。如果想在线预测TF靶基因，可以尝试hTFtarget数据库（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget/#!/，图2）自带的预测工具。

图2 hTFtarget在线工具

hTFtarget局限于预测人类TF靶标，并且属于计算机预测型数据库。如果想要更高置信度的TF靶标数据，可以考虑TRRUST v2.0（https://www.grnpedia.org/trrust/，图3）。TRRUST v2.0基于文本挖掘和手动提取两种方式收集TF靶标实验验证型数据，涉及物种包括人类和鼠类两种。

图3 TRRUST v2.0数据库

后话

TF靶标关系共同构成了TF调控网络，TF调控网络又属于基因调控网络的一种。TF调控存在的意义在于能够影响中心法则 “DNA->RNA”的转录过程。因此，我们可以从TF视角了解基因调控机理。如果想了解TF参与基因调控的机理，可以阅读Carsten Carlberg和Ferdinand Molnár合著的经典书籍《Mechanisms of Gene Regulation》（https://link.springer.com/book/10.1007/978-94-017-7741-4#about，图4）。

图4 《Mechanisms of Gene Regulation》

参考文献与链接

[1] Zhang Q, Liu W, Zhang HM, Xie GY, Miao YR, Xia M, Guo AY. hTFtarget: A Comprehensive Database for Regulations of Human Transcription Factors and Their Targets. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2020 Apr;18(2):120-128.

[2] Wingender E, Schoeps T, Haubrock M, Krull M, Dönitz J. TFClass: expanding the classification of human transcription factors to their mammalian orthologs. Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D343-D347.

[3] Han H, Cho JW, Lee S, Yun A, Kim H, Bae D, Yang S, Kim CY, Lee M, Kim E, Lee S, Kang B, Jeong D, Kim Y, Jeon HN, Jung H, Nam S, Chung M, Kim JH, Lee I. TRRUST v2: an expanded reference database of human and mouse transcriptional regulatory interactions. Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D380-D386.

[4] Carlberg C, Molnár F. Mechanisms of gene regulation. Dordrecht: Springer, 2016.

以往推荐如下：

5. R/Shiny交互式生物Web应用程序

6. VOSviewer：文献图谱可视化

7. 卡片式笔记工具：Roam Research

8. 国外知乎：Quora

9. 生信问答平台：Biostars

10. IT问答平台：Stack Overflow