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EMT,你怎么那么多调控因子!

已有 1829 次阅读 2021-12-17 10:13 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

在前面文章(miRNAEMT)中,已经介绍了EMTEpithelial-Mesenchymal Transition)基本概念及其相关的miRNAs。这次,通过一篇评论论文(图1Bracken, C.P., Goodall, G.J. The many regulators of epithelialmesenchymal transition. Nat Rev Mol Cell Biol (2021). https://doi.org/10.1038/s41580-021-00442-x)来了解一下EMT为什么有这么的调控因子。

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1 多个调控因子参与EMT

 

01

背景

EMT是一类复杂的、高度调控的生物过程,现已报道它被数百个转录因子和数百个miRNAs所调控。那么,EMT生物过程的复杂性是否需要如此多的调控因子,抑或文献中是否报道了许多假阳性调控因子。

 

02

EMT定义一直在进化

在研究过程中,定义EMT必须考虑的一个原则是最小证据准则(minimum evidential criteria)。这个问题已经在最近发表的参考文献[2]中得到解决。那么如何对EMT过程进行定量化,仍然处于争论中,尤其是要采用哪些定量化指标。鉴于EMT没有标准化定义,许多基因尽管调控完全不同的生物过程,它们可能也会被视为“EMT调控因子”。

 

03

实验挑战

除了基因可能被误划分为“EMT调控因子”,已有文献报道的“EMT调控因子”个数可能也有夸大嫌疑。为了进一步确认“EMT调控因子”,未来需要采用过个度量指标来验证“EMT调控因子”。在体外实验时,最好在多个细胞系中使用基因扰动策略。并且,不能仅仅依赖外显子表达,与此同时也要借助多因素抑制方法。

 

04

EMT复杂不可否认

EMT的复杂性不仅仅反映在调控一个系统的基因个数方面,而且还反映在这个系统内的基因互作关系方面。虽然一个系统的复杂调控在生物学并不是个例,但是许多因素使得EMT调控尤为复杂。首先,EMT过程发生在生长、发育、成熟以及大量不同细胞类型中,具有普遍性。其次,EMT并不是描述单一细胞状态,而是不同类型的混合型细胞状态。这种混合型状态相当于提供了一个“干细胞特性窗口”(stemness window),这个过程中细胞表现出类干细胞特性。第三,与其他细胞命运的转型相比,EMT可能是一个特例,因为它需要保持可逆性。为了保持可逆性,EMT有一套策略防止虚假转型。在这个策略中,细胞表型的转型受到多个调控因子控制,单一调控因子是无法启动转型开关的。

 

后话

EMT的复杂性和特殊性决定了它的调控因子不会少。除了EMT调控因子,还有EMT驱动因子。那么,基于有限的实验证据和磕碜的控制表达实验,EMT调控因子多大程度能够充当EMT驱动因子,这是一个重要和亟待解决的问题。

 

 

参考文献:

[1] Bracken, C.P., Goodall, G.J. The many regulators of epithelial−mesenchymal transition. Nat Rev Mol Cell Biol (2021). https://doi.org/10.1038/s41580-021-00442-x

[2] Yang J, Antin P, Berx G, et al. Guidelines and definitions for research on epithelial-mesenchymal transition. Nat Rev Mol Cell Biol. 2020;21(6):341-352. doi:10.1038/s41580-020-0237-9

 

更多背景知识如下:

1. miRNA是何方神圣?

2. What?植物miRNA能够调控动物靶基因?

3. miRNA也走非主流路线!

4. Tools4miRs:只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

10. miRNA富集分析之clusterProfiler

11.miRNA靶基因识别

12. miRNA靶基因识别:下一步

13. miRNA靶基因之实验验证型数据库

14. miRNA靶基因之预测型数据库

15. miRNA靶基因之综合型数据库

16. miRNA靶基因之miRLAB

17. miRNA靶基因之miRBaseConverter

18. miRNATF互为调控

19. miRNA与人类疾病

20. miRNA靶基因与人类疾病

21. miRNAEMT

22. miRNA协作

23. miRNA协作之MFSN

24. miRNA协作之因果推理方法

25. 单细胞水平miRNA调控

26. miRNA靶基因识别之IDA

 

号外,为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/

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https://wap.sciencenet.cn/blog-571917-1316949.html

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1 李宏翰

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