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miRNA与人类疾病

已有 962 次阅读 2021-11-16 09:21 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

众所周知,miRNAs在细胞分化、细胞增殖、细胞生长、细胞迁移和细胞凋亡中发挥着重要作用。在调控靶基因方面,miRNAs有点类似于滑动变阻器来调整蛋白质输出。滑动变阻器功能一旦失灵,可能会导致产生包括癌症在内的许多人类复杂疾病。那么,我们如何知道哪些miRNAs与人类疾病关联呢?根据关键词搜索文献太慢了,那就直接搜索miRNA-疾病关系数据库吧!

 

01

人类复杂疾病

在基因分子水平,人类复杂疾病是多基因病(polygenic disorder),它是由多个基因协同控制的结果。当然,其发病机理也与外部环境有关。与单基因病(由单个基因引起的基因病)相比,多基因病之所以复杂,原因在与其多基因性、个体特异性和疾病异质性等。

 

人类复杂疾病包括恶性肿瘤、心脑血管疾病、代谢系统疾病、神经系统疾病等。由于其发生和发展不符合孟德尔遗传定律,并且是一类涉及多因素的复杂生物过程。因此,人类复杂疾病研究具有挑战与机遇并存特点。

 

02

miRNA-疾病关系数据库

当前,miRNA-疾病关系数据库主要分为实验验证型、计算机预测型和综合型三大类。其中,实验验证型数据库最为准确但量少,计算机预测型数据量大但精确度低,综合型数据介于两者之间。作为普通用户,按需使用即可。下面是汇总的一些常用miRNA-疾病关系数据库(见图1),大部分都是实验验证型数据库。

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1 miRNA-疾病关系数据库一览

后话

miRNA-疾病关系研究是了解miRNA生物功能的突破口之一。抛开实验验证型的miRNA-疾病关系数据不说,因为它们都是基于生物学实验。目前,miRNA-疾病关系预测研究基本都是以实验验证型数据为“种子”来开展。另外,很多miRNA-疾病关系预测方法具有很强的可移植性,也可以应用于预测其他非编码RNA与疾病的关系。

 

参考文献:

[1] Chen X, Xie D, Zhao Q, You ZH. MicroRNAs and complex diseases: from experimental results to computational models. Brief Bioinform. 2019;20(2):515-539. doi:10.1093/bib/bbx130

 

更多背景知识如下:

1. miRNA是何方神圣?

2. What?植物miRNA能够调控动物靶基因?

3. miRNA也走非主流路线!

4. Tools4miRs:只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

10. miRNA富集分析之clusterProfiler

11.miRNA靶基因识别

12. miRNA靶基因识别:下一步

13. miRNA靶基因之实验验证型数据库

14. miRNA靶基因之预测型数据库

15. miRNA靶基因之综合型数据库

16. miRNA靶基因之miRLAB

17. miRNA靶基因之miRBaseConverter

18. miRNATF互为调控

 

号外,ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。

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1 李宏翰

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