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miRNA靶基因之实验验证型数据库

已有 986 次阅读 2021-10-26 12:15 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

目前,miRNA靶基因方面有三大类型数据库:实验验证型、计算机预测性和综合型。这次就先介绍两款常用的实验验证型miRNA靶基因数据库:miRTarBaseTarBase。在miRNA靶基因识别领域,实验验证型数据库经常被当作真实数据(ground truth)来比较不同计算机识别方法的预测效果。

 

01

miRTarbase

miRTarBasehttps://mirtarbase.cuhk.edu.cn/,图1)已经更新到v9.0版本了,基本是2年更新1次。最新的版本v9.0里面有横跨37个物种的220万多条miRNA靶标调控关系。miRTarBase数据库将实验验证型miRNA靶标调控数据分为强实验证据和弱实验证据两大类型。其中,强实验证据支撑的miRNA靶标调控数据主要被低通量实验(Reporter AssayWestern BlotqPCR)证实,弱实验证据支撑的miRNA靶标调控数据主要被高通量实验(例如CLIP-Seq)证实。

 

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1 miRTarBase主页

 

02

TarBase

TarBasehttp://www.microrna.gr/tarbase,图2)已经更新到v8.0版本,2018年更新了1次,目前为止没有没有更新。最新的版本v8.0里面有67万多条miRNA靶标调控关系。如果你想下载TarBase数据库里面的数据,需要先填写申请单,然后等候邮件通知。如果通过了,将会以邮件的形式将下载链接发至用户邮箱。

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2 TarBase主页

后话

miRTarBase v9.0版本之前,TarBase v8.0存储了最多的实验验证miRNA靶基因数据。miRTarBase v9.0上线之后,将成为实验验证miRNA靶基因方面的最大数据库。一般而言,整合两个数据库(miRTarBase v9.0TarBase v8.0)作为ground truth

 

参考文献与链接:

[1] Huang HY, Lin YC, Li J, et al. miRTarBase 2020: updates to the experimentally validated microRNA-target interaction database. Nucleic Acids Res. 2020;48(D1):D148-D154. doi:10.1093/nar/gkz896

[2] Karagkouni D, Paraskevopoulou MD, Chatzopoulos S, et al. DIANA-TarBase v8: a decade-long collection of experimentally supported miRNA-gene interactions. Nucleic Acids Res. 2018;46(D1):D239-D245. doi:10.1093/nar/gkx1141

 

更多背景知识如下:

1. miRNA是何方神圣?

2. What?植物miRNA能够调控动物靶基因?

3. miRNA也走非主流路线!

4. Tools4miRs:只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

10. miRNA富集分析之clusterProfiler

11. miRNA靶基因识别

12. miRNA靶基因识别:下一步

 

号外,ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/

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https://wap.sciencenet.cn/blog-571917-1309529.html

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