zhangjunpeng的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/zhangjunpeng

博文

ceRNA数据库外篇

已有 1227 次阅读 2021-9-2 09:13 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

在生物医学领域,数据库的地位不言而喻。好的生物医学数据库共有的特点有:用户友好、界面美观、操作简单、定期维护与更新等。对于生物医学数据库,哪里能够方便查找最新数据库与数据库更新版本呢?

 

NAR数据库专刊

每年1月,Nucleic Acids ResearchNAR)杂志都会有一期的数据库专刊。从这期里面,可以迅速的查看最新数据库与数据库更新。比如20211月份的数据库专刊(图1),将收录的数据库分为9大类型:1major multi-database resources2nucleic acid sequence, structure and regulation3protein sequence and structure, motifs and domains4metabolic and signalling pathways, enzymes5viruses, bacteria and fungi6human genome, model organisms, comparative genomics7genomic variation, diseases and drugs8plants9other databases。涵盖189个数据库,包含89个新数据库和100个数据库更新版本。

8521f96f9a0762f1fed7c00fc561338.png

1 2021NAR数据库专刊

 

NAR数据库分类资源

截止20211月份,NAR总共发表了1641个数据库文献(https://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/)。如图2所示,收录的数据库分为15大类型。大部分生物医学数据库文献都可以在这里面查找得到。

e9369f2f165bbd4dfa0656d8e759e46.png

2 NAR数据库分类资源

 

号外

NAR中,ceRNA相关的数据库资源一般被归为“nucleic acid sequence, structure and regulation”类别。NAR数据库文献发表的门槛有点高,毕竟2021年影响因子已经16.971了。如果有ceRNA相关数据库需要发表,有够不上NARFrontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)的专刊“Computational Identification of ceRNA Regulation”也是不错的选择。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/,也可点击阅读原文直达哦。

 

参考文献:

[1] Rigden, D. J., & Fernández, X. M. (2021). The 2021 Nucleic Acids Research database issue and the online molecular biology database collection. Nucleic acids research, 49(D1), D1–D9. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1216

 

更多背景知识如下:

1. ceRNA!你是谁?为了谁?

2. ceRNA漫画,看吗?

3. 什么?ceRNA竞争除了单挑模式,还可能有组队模式?

4. ceRNA,是与非!

5. miRNA海绵到ncRNA海绵:因为共同语言

6. ceRNA个体竞争怎样才能入会

7. ceRNA群体竞争怎样才能入会

8. 来来来,一起“撸”ceRNA模块!

9. ceRNA工具包之miRspongeR

10. ceRNA工具包之SPONGE

11. ceRNA工具包之miRSM

12. ceRNA数据库上篇

13. ceRNA数据库中篇

14. ceRNA数据库下篇

 58af82ad9a9d01f66127031eeba0d10.png

6c4d9c08d205bd1f02268c85886acce.png



https://wap.sciencenet.cn/blog-571917-1302474.html

上一篇:ceRNA数据库下篇
下一篇:生信书籍推荐一波!
收藏 IP: 182.241.58.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2022-8-10 14:12

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部