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ceRNA数据库下篇

已有 1486 次阅读 2021-8-31 09:30 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

在《ceRNA数据库上篇》和《ceRNA数据库中篇》中,分别对实验验证型和计算预测型数据库进行了梳理。在ceRNA数据库下篇,将介绍三款综合型数据库(LncACTdbLnCeVarLnCeCell,如表1),都跟长链非编码RNAlncRNA)关联的ceRNA调控有关。其综合型体现在整合实验验证型和计算预测型两种ceRNA数据类型,还体现在ceRNA的具体功能预测方面。 

1 ceRNA综合性数据库

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LncACTdb

LncACTdb(图1)整合实验验证型和计算预测型两种lncRNA关联的ceRNA数据类型,并且为用户提供了友好的搜索、浏览以及下游分析功能。其中,LncACTdb里面的实验验证型ceRNA数据实际上是miRSponge数据库(http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/miRSponge/)的升级版本,扩充了一些实验验证型ceRNA数据。

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1 LncACTdb数据库内容与界面

 

LnCeVar

LnCeVar(图2)的特色是专门研究基因组变异如何干扰ceRNA调控的一类综合型数据库。前面,我们已经知道ceRNA使用的语言是MREmiRNA response elements)语言。基因组变异必然会干扰ceRNA调控。也就是说,基因组变异了,RNA-RNA之间原来是竞争关系,现在可能不存在竞争关系,反之亦然。这就好比,以前两个人为了抢一个玩具,相互竞争,现在这个玩具坏了,也就没有竞争的意义了。该数据库也为用户提供了友好的搜索、浏览以及下游分析功能。

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2 LnCeVar数据库内容与界面


LnCeCell

LnCeCell(图3)最大的特色是从单细胞精度水平来研究lncRNA关联的ceRNA调控。标语“一细胞,一世界”来源于《华严经》 “一花一世界,一叶一菩提”。每个细胞是独一无二的,相应地每个细胞内的ceRNA调控也是特异的。该数据库也为用户提供了友好的搜索、浏览以及下游分析功能。

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3 LnCeCell数据库内容和界面


三款综合型数据库(LncACTdbLnCeVarLnCeCell)都是哈尔滨医科大学的良心作品,各具特色,将ceRNA研究推向了一个新高度。合理的使用这些数据库资源,将会对自身研究大有裨益。

 

参考文献:

1. Wang P, Li X, Gao Y, et al. LncACTdb 2.0: an updated database of experimentally supported ceRNA interactions curated from low- and high-throughput experiments. Nucleic Acids Res 2019; 47:D121–D127

2. Wang P, Li X, Gao Y, et al. LnCeVar: a comprehensive database of genomic variations that disturb ceRNA network regulation. Nucleic Acids Res 2020; 48:D111–D117

3. Wang P, Guo Q, Hao Y, et al. LnCeCell: a comprehensive database of predicted lncRNA-associated ceRNA networks at single-cell resolution. Nucleic Acids Res 2021; 49:D125–D133

 

更多背景知识如下:

1. ceRNA!你是谁?为了谁?

2. ceRNA漫画,看吗?

3. 什么?ceRNA竞争除了单挑模式,还可能有组队模式?

4. ceRNA,是与非!

5. miRNA海绵到ncRNA海绵:因为共同语言

6. ceRNA个体竞争怎样才能入会

7. ceRNA群体竞争怎样才能入会

8. 来来来,一起“撸”ceRNA模块!

9. ceRNA工具包之miRspongeR

10. ceRNA工具包之SPONGE

11. ceRNA工具包之miRSM

12. ceRNA数据库上篇

13. ceRNA数据库中篇

 

为了便于交流,我们为ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/

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