写在前面

在《ceRNA数据库上篇》和《ceRNA数据库中篇》中，分别对实验验证型和计算预测型数据库进行了梳理。在ceRNA数据库下篇，将介绍三款综合型数据库（LncACTdb、LnCeVar和LnCeCell，如表1），都跟长链非编码RNA（lncRNA）关联的ceRNA调控有关。其综合型体现在整合实验验证型和计算预测型两种ceRNA数据类型，还体现在ceRNA的具体功能预测方面。 

表1 ceRNA综合性数据库

LncACTdb

LncACTdb（图1）整合实验验证型和计算预测型两种lncRNA关联的ceRNA数据类型，并且为用户提供了友好的搜索、浏览以及下游分析功能。其中，LncACTdb里面的实验验证型ceRNA数据实际上是miRSponge数据库（http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/miRSponge/）的升级版本，扩充了一些实验验证型ceRNA数据。

图1 LncACTdb数据库内容与界面

LnCeVar

LnCeVar（图2）的特色是专门研究基因组变异如何干扰ceRNA调控的一类综合型数据库。前面，我们已经知道ceRNA使用的语言是MRE（miRNA response elements）语言。基因组变异必然会干扰ceRNA调控。也就是说，基因组变异了，RNA-RNA之间原来是竞争关系，现在可能不存在竞争关系，反之亦然。这就好比，以前两个人为了抢一个玩具，相互竞争，现在这个玩具坏了，也就没有竞争的意义了。该数据库也为用户提供了友好的搜索、浏览以及下游分析功能。

图2 LnCeVar数据库内容与界面

LnCeCell

LnCeCell（图3）最大的特色是从单细胞精度水平来研究lncRNA关联的ceRNA调控。标语“一细胞，一世界”来源于《华严经》 “一花一世界，一叶一菩提”。每个细胞是独一无二的，相应地每个细胞内的ceRNA调控也是特异的。该数据库也为用户提供了友好的搜索、浏览以及下游分析功能。

图3 LnCeCell数据库内容和界面

三款综合型数据库（LncACTdb、LnCeVar和LnCeCell）都是哈尔滨医科大学的良心作品，各具特色，将ceRNA研究推向了一个新高度。合理的使用这些数据库资源，将会对自身研究大有裨益。

参考文献：

1. Wang P, Li X, Gao Y, et al. LncACTdb 2.0: an updated database of experimentally supported ceRNA interactions curated from low- and high-throughput experiments. Nucleic Acids Res 2019; 47:D121–D127

2. Wang P, Li X, Gao Y, et al. LnCeVar: a comprehensive database of genomic variations that disturb ceRNA network regulation. Nucleic Acids Res 2020; 48:D111–D117

3. Wang P, Guo Q, Hao Y, et al. LnCeCell: a comprehensive database of predicted lncRNA-associated ceRNA networks at single-cell resolution. Nucleic Acids Res 2021; 49:D125–D133

更多背景知识如下：

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12. ​ceRNA数据库上篇

13. ceRNA数据库中篇

为了便于交流，我们为ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志（ 2020_IF = 5.246）整了个专刊，主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接：https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。