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ceRNA数据库中篇

已有 1681 次阅读 2021-8-27 09:56 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

在《ceRNA数据库上篇》中,介绍了两种实验验证型数据库(miRSpongeLncCeRBase)。虽然里面的高质量数据是生物湿实验得来的,但是其数据量极少。如果要进行后续交叉验证,覆盖面太小了。在这种情况下,计算机预测型数据库成为交叉验证的备选。所以,在ceRNA数据库中篇,就来看看一波计算机预测型ceRNA数据库(表1)。其中,lnCeDB没有在维护(直接打不开了),ENCORI(以前叫starBase)和SPONGEdb有时候打不开(假期维护)。 

1 计算机预测型ceRNA数据库

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ceRDB

ceRDB是第一个计算机预测型ceRNA数据库,预测ceRNA的原理非常简单(界面简单粗暴,如图1),就是基于miRNA结合位点在3’非编码序列的相似性。相似性值越大,mRNA-mRNA越可能成为ceRNA竞争关系对。该数据库只能预测mRNA关联的ceRNA竞争关系数据。

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1 ceRDB数据库主页

SomamiR

SomamiR(图2)是体细胞突变关联的miRNA-ceRNA互作关系数据库。这里有个共识:体细胞突变能够改变miRNA序列以及miRNA靶标结合位点,因此ceRNA语言MRE也相应发生了变化。该数据库能搜索lncRNAmRNA关联的ceRNA竞争关系数据。

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2 SomamiR数据库主页

Pan-ceRNADB

Pan-ceRNADB(图3)数据库存储了20种癌症类型的ceRNA竞争关系数据。使用的癌症基因表达数据来源于TCGAThe Cancer Genome Atlashttps://portal.gdc.cancer.gov/)。该数据库能搜索和下载mRNA关联的ceRNA竞争关系数据。

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3 Pan-ceRNADB数据库主页

miRTissuece

miRTissuece(图4)数据库能够预测人类不同组织内的miRNA调控关系和ceRNA竞争关系。之前版本是miRTissue,只能预测人类不同组织内的miRNA调控关系。升级改成miRTissuece之后,该数据库也能预测lncRNAmRNA关联的ceRNA竞争关系数据。

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4 miRTissuece数据库主页

选择

lnCeDB没有在维护,直接不考虑。ceRDBSomamiRPan-ceRNADB数据库是论文发表的附带产品,基本不存在更新了,所以慎重考虑。如果要使用预测型ceRNA竞争关系数据作为交叉验证,可以考虑miRTissuece ENCORISPONGEdb。尤其是ENCORISPONGEdb,优先考虑。


参考文献:

1. Sarver AL, Subramanian S. Competing endogenous RNA database. Bioinformation 2012; 8:731–733

2. Das S, Ghosal S, Sen R, et al. lnCeDB: database of human long noncoding RNA acting as competing endogenous RNA. PLoS One 2014; 9:e98965

3. Bhattacharya A, Cui Y. SomamiR 2.0: a database of cancer somatic mutations altering microRNA-ceRNA interactions. Nucleic Acids Res 2016; 44:D1005-1010

4. Li J-H, Liu S, Zhou H, et al. starBase v2.0: decoding miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA and protein-RNA interaction networks from large-scale CLIP-Seq data. Nucleic Acids Res 2014; 42:D92-97

5. Xu J, Li Y, Lu J, et al. The mRNA related ceRNA-ceRNA landscape and significance across 20 major cancer types. Nucleic Acids Res 2015; 43:8169–8182

6. Fiannaca A, Paglia LL, Rosa ML, et al. miRTissuece: extending miRTissue web service with the analysis of ceRNA-ceRNA interactions. BMC Bioinformatics 2020; 21:199

7. Hoffmann M, Pachl E, Hartung M, et al. SPONGEdb: a pan-cancer resource for competing endogenous RNA interactions. NAR Cancer 2021; 3:zcaa042


更多背景知识如下:

1. ceRNA!你是谁?为了谁?

2. ceRNA漫画,看吗?

3. 什么?ceRNA竞争除了单挑模式,还可能有组队模式?

4. ceRNA,是与非!

5. miRNA海绵到ncRNA海绵:因为共同语言

6. ceRNA个体竞争怎样才能入会

7. ceRNA群体竞争怎样才能入会

8. 来来来,一起“撸”ceRNA模块!

9. ceRNA工具包之miRspongeR

10. ceRNA工具包之SPONGE

11. ceRNA工具包之miRSM

12. ceRNA数据库上篇

 

为了便于交流,我们为ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/

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https://wap.sciencenet.cn/blog-571917-1301617.html

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