写在前面

在《ceRNA数据库上篇》中，介绍了两种实验验证型数据库（miRSponge和LncCeRBase）。虽然里面的高质量数据是生物湿实验得来的，但是其数据量极少。如果要进行后续交叉验证，覆盖面太小了。在这种情况下，计算机预测型数据库成为交叉验证的备选。所以，在ceRNA数据库中篇，就来看看一波计算机预测型ceRNA数据库（表1）。其中，lnCeDB没有在维护（直接打不开了），ENCORI（以前叫starBase）和SPONGEdb有时候打不开（假期维护）。 

表1 计算机预测型ceRNA数据库

ceRDB

ceRDB是第一个计算机预测型ceRNA数据库，预测ceRNA的原理非常简单（界面简单粗暴，如图1），就是基于miRNA结合位点在3’非编码序列的相似性。相似性值越大，mRNA-mRNA越可能成为ceRNA竞争关系对。该数据库只能预测mRNA关联的ceRNA竞争关系数据。

图1 ceRDB数据库主页

SomamiR

SomamiR（图2）是体细胞突变关联的miRNA-ceRNA互作关系数据库。这里有个共识：体细胞突变能够改变miRNA序列以及miRNA靶标结合位点，因此ceRNA语言MRE也相应发生了变化。该数据库能搜索lncRNA和mRNA关联的ceRNA竞争关系数据。

图2 SomamiR数据库主页

Pan-ceRNADB

Pan-ceRNADB（图3）数据库存储了20种癌症类型的ceRNA竞争关系数据。使用的癌症基因表达数据来源于TCGA（The Cancer Genome Atlas，https://portal.gdc.cancer.gov/）。该数据库能搜索和下载mRNA关联的ceRNA竞争关系数据。

图3 Pan-ceRNADB数据库主页

miRTissue_ce

miRTissue_ce（图4）数据库能够预测人类不同组织内的miRNA调控关系和ceRNA竞争关系。之前版本是miRTissue，只能预测人类不同组织内的miRNA调控关系。升级改成miRTissue_ce之后，该数据库也能预测lncRNA和mRNA关联的ceRNA竞争关系数据。

图4 miRTissue_ce数据库主页

选择

lnCeDB没有在维护，直接不考虑。ceRDB、SomamiR和Pan-ceRNADB数据库是论文发表的附带产品，基本不存在更新了，所以慎重考虑。如果要使用预测型ceRNA竞争关系数据作为交叉验证，可以考虑miRTissue_ce 、ENCORI和SPONGEdb。尤其是ENCORI和SPONGEdb，优先考虑。

参考文献：

1. Sarver AL, Subramanian S. Competing endogenous RNA database. Bioinformation 2012; 8:731–733

2. Das S, Ghosal S, Sen R, et al. lnCeDB: database of human long noncoding RNA acting as competing endogenous RNA. PLoS One 2014; 9:e98965

3. Bhattacharya A, Cui Y. SomamiR 2.0: a database of cancer somatic mutations altering microRNA-ceRNA interactions. Nucleic Acids Res 2016; 44:D1005-1010

4. Li J-H, Liu S, Zhou H, et al. starBase v2.0: decoding miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA and protein-RNA interaction networks from large-scale CLIP-Seq data. Nucleic Acids Res 2014; 42:D92-97

5. Xu J, Li Y, Lu J, et al. The mRNA related ceRNA-ceRNA landscape and significance across 20 major cancer types. Nucleic Acids Res 2015; 43:8169–8182

6. Fiannaca A, Paglia LL, Rosa ML, et al. miRTissuece: extending miRTissue web service with the analysis of ceRNA-ceRNA interactions. BMC Bioinformatics 2020; 21:199

7. Hoffmann M, Pachl E, Hartung M, et al. SPONGEdb: a pan-cancer resource for competing endogenous RNA interactions. NAR Cancer 2021; 3:zcaa042

更多背景知识如下：

1. ceRNA！你是谁？为了谁？

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12. ​ceRNA数据库上篇

为了便于交流，我们为ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志（ 2020_IF = 5.246）整了个专刊，主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接：https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。