写在前面

其实，ceRNA工具包miRspongeR在5年前就上线了。当时，它的名字叫miRsponge。由于与ceRNA数据库miRSponge（http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/miRSponge/）名称非常类似，所以就改成miRspongeR了（上线时间自然只有2.5年了，如图1）。这几年，ceRNA网络识别方法没有多大变化。未来，有新方法会持续添加进去。

图1 R/Bioconductor工具包miRspongeR

 动机

2016年写《Computational methods for identifying miRNA sponge interactions》综述论文（图2）时，结果部分需要案例分析。该案例需要比较已有ceRNA互作关系识别方法。因此，花费了一段时间才将已有识别方法收集完。收集完之后，感觉以后还会要用，重新找一遍挺麻烦的。所以，就想着统一用R语言把它们整合在一起算了，以备后续用。琢磨一下在Bioconductor上线，这样就有了ceRNA工具包miRspongeR。如果用得找，那就拿去用吧（用了不要忘记引用参考文献即可！，图3）。

图2 ceRNA互作关系识别方法综述论文

图3 R/Bioconductor工具包miRspongeR论文

 架构

如图4，miRspongeR架构主要分为四个部分：输入数据部分（Input data）、ceRNA网络识别部分（Identification of miRNA sponge interactions）、ceRNA网络模块识别部分（Identification of miRNA sponge modules）以及验证和功能分析部分（Validation and analysis）。由于只是专注ceRNA识别结果与分析，所以没有融合可视化部分在这个包里面。如果想要结果可视化，相关的软件和工具包也很多。例如Cytoscape（https://cytoscape.org/），Gephi（https://gephi.org/）和R工具包igraph（https://igraph.org/）等。

图4 R/Bioconductor工具包miRspongeR架构

 在ceRNA网络识别部分（Identification of miRNA sponge interactions），miRspongeR工具包提供了7种单一方法（miRHomology、pc、sppc、hermes、ppc、muTaME和cernia）和1种集成方法（integrateMethod），每种方法的特点参见表1。

至于miRspongeR中的其他部分就不多说了，感兴趣可以参见帮助文档（http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/miRspongeR/inst/doc/miRspongeR.html）自行琢磨了。

参考文献：,

[1] Le, T. D., Zhang, J., Liu, L., & Li, J. (2017). Computational methods for identifying miRNA sponge interactions. Briefings in bioinformatics, 18(4), 577–590. https://doi.org/10.1093/bib/bbw042

[2] Zhang, J., Liu, L., Xu, T., Xie, Y., Zhao, C., Li, J., & Le, T. D. (2019). miRspongeR: an R/Bioconductor package for the identification and analysis of miRNA sponge interaction networks and modules. BMC bioinformatics, 20(1), 235. https://doi.org/10.1186/s12859-019-2861-y

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为了便于交流，我们为ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志（ 2020_IF = 5.246）整了个专刊，主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接：https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。