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SingmiR:单细胞miRNA比对和分析工具
张俊鹏 2024-4-19 09:18
SingmiR :单细胞 miRNA 比对和分析工具 研究得最好的一类非编码 RNA 是 microRNA (miRNAs) ,这是一种 20-25nt 长的分子,主要通过 3‘UTR( 非翻译区 ) 结合 , 可调节人类中发现的多达 60% 的编码基因。 miRNAs 在调节细胞状态中发挥着关键作用,并且在新的疾病诊断和治疗方法中日益成为相关 ...
个人分类: 科普|169 次阅读|没有评论
coRmiT:疾病关联的miRNA靶基因预测
张俊鹏 2024-4-17 09:33
coRmiT :疾病关联的 miRNA 靶基因预测 MicroRNAs (miRNAs) 是一种约 22 nt 的小 RNA 序列,在许多生物系统中对 mRNA 表达的转录后抑制和调控具有重要作用。它们的研究对疾病很重要,因为它们显示出作为生物标志物和治疗靶点的潜力。转录组测序技术越来越多地应用于基因表达的各个方面。一个重要的方法 ...
个人分类: 科普|325 次阅读|没有评论
388个人脑的单细胞基因组学和调控网络
张俊鹏 2024-4-15 13:06
388 个人脑的单细胞基因组学和调控网络 与神经精神疾病相关的遗传变异在多个层面上影响大脑功能,从单个细胞中的基因表达到细胞间复杂的脑回路。在每一个层面上,它们的表现都是不同的,这取决于所讨论的细胞类型。此前, GTEx( 基因型 - 组织表达 ) 、 PsychENCODE 和 ROSMAP( 宗教秩序研究 / 记忆与 ...
个人分类: 科普|374 次阅读|没有评论
DANCE:用于单细胞分析的深度学习库和基准测试平台
张俊鹏 2024-4-14 21:51
DANCE :用于单细胞分析的深度学习库和基准测试平台 单细胞分析技术近年来发展迅速,从单模态分析 (RNA 、蛋白质和开放染色质 ) ,到多模态分析,再到空间转录组学。这一领域的快速革命促进了计算方法数量的爆炸式增长,尤其是基于机器学习的方法。然而,当前方法的多样性和复杂性使得研究人员很难重现原始论文 ...
个人分类: 科普|443 次阅读|没有评论
通过临床知识图谱预测人群用药结果
张俊鹏 2024-4-10 14:01
通过临床知识图谱预测人群用药结果 各种不同的因素——在分子和细胞水平上的环境和生物因素——塑造了治疗反应。同样的治疗方法在不同的人群中可能会产生非常不同的效果和产生副作用的可能性。例如,对年轻男性参与者 Caucasian 进行药物测试的偏见导致错过了患者安全标记,提高了人们对人群特性在调查治疗疗效和安 ...
个人分类: 科普|370 次阅读|没有评论
ISN-tractor:快速和可扩展识别具有生物学意义的个体特异性网络
张俊鹏 2024-4-8 19:43
ISN-tractor :快速和可扩展识别具有生物学意义的个体特异性网络 个体特异性网络 (ISN) 是组学数据的一种数据分析方法,可捕获种群中每个个体中生物实体 ( 如基因 ) 之间的独特关系模式。它们提供了对样本异质性和个性的详细了解,提供了优于传统分析方法的优势,因此它们可以为分层医学提供新的机会 ...
个人分类: 科普|408 次阅读|没有评论
CM-Drug:提高免疫检查点阻断疗效的药物预测
张俊鹏 2024-4-7 09:16
CM-Drug :提高免疫检查点阻断疗效的药物预测 免疫疗法,特别是免疫检查点阻断 (immune checkpoint blockade , ICB) ,旨在激活和调动免疫系统来根除恶性细胞,并在各种恶性肿瘤中取得了令人印象深刻的临床成功。在一些患者中, ICB 产生了持久的临床反应,导致长期疾病缓解。然而,低反应率和对治疗的耐药 ...
个人分类: 科普|352 次阅读|没有评论
txtools:分析RNA修饰、结构和相互作用工具包
张俊鹏 2024-4-4 21:27
txtools :分析 RNA 修饰、结构和相互作用工具包 RNA 测序数据最广泛的用途是基因表达定量,它只需要计算重叠每个基因的测序读数数量。然而,除了它们所映射的基因的身份之外,测序读数还存储了丰富的附加信息,我们将其称为 “ 读出 ” ,包括 (i) 读取起始的相对位置, (ii) 读取末端的相对 ...
个人分类: 科普|504 次阅读|没有评论
多重聚类最新进展和观点
张俊鹏 2024-4-4 21:25
多重聚类最新进展和观点 聚类是一项基本的数据探索任务,旨在发现数据中隐藏的分组结构。聚类技术已经成功地应用于许多领域,包括社会网络分析、生物信息学、计算机视觉等。然而,众所周知,集群是在旁观者的眼中。由什么组成集群取决于应用程序的需要。例如,水果可以根据颜色、形状、起源或其他规则聚类。为了解决这 ...
个人分类: 科普|504 次阅读|没有评论
数据库对理解lncRNA的贡献
张俊鹏 2024-4-4 21:23
数据库对理解 lncRNA 的贡献 长链非编码 RNA (lncRNA) 是一类超过 200 个核苷酸的 RNA 分子,没有或有限的编码能力。广泛的研究已经在一系列物种中鉴定和表征了 lncRNA ,表明 lncRNA 基因超过了蛋白质编码基因的数量,在疾病、体内平衡和应激反应中具有至关重要的调节作用。因此,从许多物种积 ...
个人分类: 科普|482 次阅读|没有评论

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