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计算生物学在非编码RNA研究中的应用: 张俊鹏 2024-4-24 09:16; 计算生物学在非编码 RNA 研究中的应用在细胞内，非编码 RNA （ non-coding RNA ， ncRNA ）数量远远超过蛋白质编码 RNA ，并在其发挥着多样而重要的生物学功能。 ncRNA 英文综述文献众多，中文文献很少。最近，杨建华课题组围绕 ncRNA 计算生物学中的常用算法和工具进行了综述，介绍了专家系统、机 ...; 个人分类: 科普|160 次阅读|没有评论

拥抱癌症复杂性：系统疾病标志特征: 热度 1 张俊鹏 2024-4-22 20:05; 拥抱癌症复杂性：系统疾病标志特征回顾 50 年前，当《细胞》作为一份新杂志创刊时，很明显，癌症研究的前景发生了巨大变化。在此期间，利用优雅和简单模型系统的还原论细胞生物学已经形成了科学发现的支柱，对细胞周期、凋亡、细胞运动、入侵和免疫失调的调节产生了非凡的见解，导致癌症的诊断和治疗取得了重大进展 ...; 个人分类: 科普|372 次阅读|3 个评论热度 1

SingmiR：单细胞miRNA比对和分析工具: 张俊鹏 2024-4-19 09:18; SingmiR ：单细胞 miRNA 比对和分析工具研究得最好的一类非编码 RNA 是 microRNA (miRNAs) ，这是一种 20-25nt 长的分子，主要通过 3‘UTR( 非翻译区 ) 结合 , 可调节人类中发现的多达 60% 的编码基因。 miRNAs 在调节细胞状态中发挥着关键作用，并且在新的疾病诊断和治疗方法中日益成为相关 ...; 个人分类: 科普|334 次阅读|没有评论

coRmiT：疾病关联的miRNA靶基因预测: 张俊鹏 2024-4-17 09:33; coRmiT ：疾病关联的 miRNA 靶基因预测 MicroRNAs (miRNAs) 是一种约 22 nt 的小 RNA 序列，在许多生物系统中对 mRNA 表达的转录后抑制和调控具有重要作用。它们的研究对疾病很重要，因为它们显示出作为生物标志物和治疗靶点的潜力。转录组测序技术越来越多地应用于基因表达的各个方面。一个重要的方法 ...; 个人分类: 科普|418 次阅读|没有评论

388个人脑的单细胞基因组学和调控网络: 张俊鹏 2024-4-15 13:06; 388 个人脑的单细胞基因组学和调控网络与神经精神疾病相关的遗传变异在多个层面上影响大脑功能，从单个细胞中的基因表达到细胞间复杂的脑回路。在每一个层面上，它们的表现都是不同的，这取决于所讨论的细胞类型。此前， GTEx( 基因型 - 组织表达 ) 、 PsychENCODE 和 ROSMAP( 宗教秩序研究 / 记忆与 ...; 个人分类: 科普|404 次阅读|没有评论

DANCE：用于单细胞分析的深度学习库和基准测试平台: 张俊鹏 2024-4-14 21:51; DANCE ：用于单细胞分析的深度学习库和基准测试平台单细胞分析技术近年来发展迅速，从单模态分析 (RNA 、蛋白质和开放染色质 ) ，到多模态分析，再到空间转录组学。这一领域的快速革命促进了计算方法数量的爆炸式增长，尤其是基于机器学习的方法。然而，当前方法的多样性和复杂性使得研究人员很难重现原始论文 ...; 个人分类: 科普|479 次阅读|没有评论

通过临床知识图谱预测人群用药结果: 张俊鹏 2024-4-10 14:01; 通过临床知识图谱预测人群用药结果各种不同的因素——在分子和细胞水平上的环境和生物因素——塑造了治疗反应。同样的治疗方法在不同的人群中可能会产生非常不同的效果和产生副作用的可能性。例如，对年轻男性参与者 Caucasian 进行药物测试的偏见导致错过了患者安全标记，提高了人们对人群特性在调查治疗疗效和安 ...; 个人分类: 科普|398 次阅读|没有评论

ISN-tractor：快速和可扩展识别具有生物学意义的个体特异性网络: 张俊鹏 2024-4-8 19:43; ISN-tractor ：快速和可扩展识别具有生物学意义的个体特异性网络个体特异性网络 (ISN) 是组学数据的一种数据分析方法，可捕获种群中每个个体中生物实体 ( 如基因 ) 之间的独特关系模式。它们提供了对样本异质性和个性的详细了解，提供了优于传统分析方法的优势，因此它们可以为分层医学提供新的机会 ...; 个人分类: 科普|442 次阅读|没有评论

CM-Drug：提高免疫检查点阻断疗效的药物预测: 张俊鹏 2024-4-7 09:16; CM-Drug ：提高免疫检查点阻断疗效的药物预测免疫疗法，特别是免疫检查点阻断 (immune checkpoint blockade ， ICB) ，旨在激活和调动免疫系统来根除恶性细胞，并在各种恶性肿瘤中取得了令人印象深刻的临床成功。在一些患者中， ICB 产生了持久的临床反应，导致长期疾病缓解。然而，低反应率和对治疗的耐药 ...; 个人分类: 科普|374 次阅读|没有评论

txtools：分析RNA修饰、结构和相互作用工具包: 张俊鹏 2024-4-4 21:27; txtools ：分析 RNA 修饰、结构和相互作用工具包 RNA 测序数据最广泛的用途是基因表达定量，它只需要计算重叠每个基因的测序读数数量。然而，除了它们所映射的基因的身份之外，测序读数还存储了丰富的附加信息，我们将其称为 “ 读出 ” ，包括 (i) 读取起始的相对位置， (ii) 读取末端的相对 ...; 个人分类: 科普|516 次阅读|没有评论

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