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单细胞组学测序在脑疾病中的应用
张俊鹏 2023-1-30 11:00
单细胞组学测序在脑疾病中的应用 关于单细胞组学测序,在前几次已经发表了几篇公众文章。例如基于单细胞转录组数据差异表达基因识别(参见 单细胞数据中数据特异性差异表达基因识别 )、基于单细胞转录组数据的细胞类型自动识别方法(参见 单细胞转录组数据细胞类型自动识别方法 )、单细胞测序 ...
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发育、稳态和癌症中的细胞竞争
张俊鹏 2023-1-23 20:48
发育、稳态和癌症中的细胞竞争 在前面几次介绍中,我们主要介绍了细胞通讯或互作的基本概念(参见 生物组织内细胞通讯 )、识别方法和数据库(参见 细胞通讯推理框架 、 细胞互作网络识别方法: CINS 、 人类细胞互作数据库: CITEdb )。除了通讯或互作,细胞之间还存在相互竞争的机理。 ...
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LncRNA富集分析工具:LncSEA
张俊鹏 2023-1-17 16:41
LncRNA 富集分析工具: LncSEA 关于基因集富集分析( Gene Set Enrichment Analysis , GSEA ),本公众号已经介绍了好几款使用的工具。例如,关于编码基因,已经介绍了 clusterProfiler 工具( miRNA 富集分析之 clusterProfiler )。关于非编码基因,介绍了 miRNA 集富集工具 TAM ...
个人分类: 科普|592 次阅读|没有评论
带有权重的miRNA富集分析工具:wTAM
张俊鹏 2023-1-14 14:09
带有权重的 miRNA 富集分析工具: wTAM 基因集富集分析( Gene Set Enrichment Analysis , GSEA )是生物信息学领域功能分析的常规操作,其背后的含义是给定基因集,寻找该基因集到底与哪些生物过程、信号通路等功能富集相关。这里,已知的生物过程、信号通路、疾病等与哪些基因相关肯定是 ...
个人分类: 科普|601 次阅读|没有评论
细胞互作网络识别方法:CINS
张俊鹏 2023-1-8 20:46
细胞互作网络识别方法: CINS 细胞通讯或互作是多细胞生物的基本而重要的生命活动,关于其基本概念可以参见 生物组织内细胞通讯 。随着单细胞测序技术和空间转录组测序技术的发展,许多细胞通讯网络识别方法被开发出来,这些方法各有特色,因此统一识别的框架 LIANA 应运而(参见生 细胞通讯推 ...
个人分类: 科普|620 次阅读|没有评论
RNA与疾病关系数据库:RNADisease v4.0
张俊鹏 2022-12-30 21:07
RNA 与疾病关系数据库: RNADisease v4.0 在 RNA 研究领域, RNA 承载着疾病的发生和发展。这里, RNA 不仅包含非编码 RNA ,而且囊括蛋白质编码 RNA 。疾病对象不仅存在于动植物,而且还广泛分布在非动植物物种中。可以说, RNA 与疾病之间的关系,呈现多 RNA 类型、多物种和多疾病 ...
个人分类: 科普|807 次阅读|没有评论
EMT基因调控数据库:EMT-Regulome
张俊鹏 2022-12-24 17:26
EMT 基因调控数据库: EMT-Regulome 在前两次,分别介绍了 EMT 标记物数据库 EMTome 和 EMT 基因数据库 dbEMT (分别参见 EMT 标记物数据库: EMTome 和 EMT 基因数据库: dbEMT )。以往研究表明, EMT 受多个基因调控。那么, EMT 相关的基因调控关系、基元( motifs ...
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EMT基因数据库:dbEMT
张俊鹏 2022-12-19 18:25
EMT 基因数据库: dbEMT 在上次,已经介绍了 EMT ( Epithelial-Mesenchymal Transition )标记物数据库(参见 ​ EMT 标记物数据库: EMTome ),本次介绍一个比较早的与 EMT 相关的基因数据库 dbEMT (图 1 , http://dbemt.bioinfo-minzhao.org/index.html ),已经更新 ...
个人分类: 科普|840 次阅读|没有评论
EMT标记物数据库:EMTome
张俊鹏 2022-12-15 10:07
EMT 标记物数据库: EMTome EMT ( Epithelial-Mesenchymal Transition )为上皮细胞 - 间充质细胞转换生物过程,该生物过程与恶性肿瘤的发生、发展和恶化紧密相关。在前面的文章中,已经知道 miRNA 也参与 EMT 过程(参见 miRNA 与 EMT )以及介绍了调控 EMT 过程的许多调控因子 ...
个人分类: 科普|895 次阅读|没有评论
单细胞数据中数据特异性差异表达基因识别
张俊鹏 2022-12-12 08:56
单细胞数据中数据特异性差异表达基因识别 基因差异表达分析是转录组等数据分析中非常常规的手段之一,其重要意义在于能够帮助理解所要研究的生物学问题。本质上,基因差异表达分析也是一种预处理(降维)方法。尤其是在处理样本少、变量多(即多 n 少 p 问题)的数据时,基因差异表达分析能够化繁 ...
个人分类: 科普|807 次阅读|没有评论

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