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R/Shiny交互式生物Web应用程序
张俊鹏 2022-1-20 10:25
写在前面 存储、可视化和分析生物数据的交互式生物 Web 应用程序是生物信息学领域的一个重要课题。在生物数据分析和生物信息学领域, R 是最受欢迎的编程语言之一。然而,在 Shiny 工具包被 RStudio 公司于 2012 年开发之前, R 用户搭建交互式 Web 应用程序面临不小的挑战。 Shiny 通过将 R 代码编译成 HTML 、 CSS ...
个人分类: 科普|1445 次阅读|没有评论
一份单细胞数据分析教程
张俊鹏 2022-1-18 15:44
写在前面 单细胞测序让我们能够在前所未有的精度水平下研究基因表达,该技术同时衍生了众多单细胞数据分析方法。目前单细胞数据分析方法繁多,如何从这些方法中挑选适用于用户自己的单细胞数据分析方法,成为了大家的关注点。基于此,本次推荐一份单细胞数据分析教程《 Current best practices in single-cell RNA-se ...
个人分类: 科普|1754 次阅读|没有评论
Ignite:5分钟短视频平台
张俊鹏 2022-1-16 09:51
给你 5 分钟( 20 张幻灯片,每张停留 15 秒),你能够以科普形式讲清楚你从事的研究与工作吗?时间限制是一个挑战,该挑战要求演讲者必须用精炼和通俗的演讲方式来传递自己的思想。如果你想往这方面靠拢,本次就推荐一个 5 分钟短视频平台: Ignite ( http://www.ignitetalks.io/ ,图 1 )。该平台致 ...
个人分类: 科普|1552 次阅读|没有评论
基础模型的机遇与风险
张俊鹏 2022-1-12 11:22
写在前面 随着适用于大范围数据训练和大规模下游任务分析的通用模型(例如 BERT 、 DALL-E 和 GPT-3 )发展,人工智能( Artificial Intelligence ,简称 AI )正在经历范式变革。 AI 内的通用模型也叫基础模型,那么基础模型未来面临的机遇与风险如何?本次就推荐一篇发表在 arXiv 预印本的综述报告《 On the opport ...
个人分类: 科普|1492 次阅读|没有评论
生物学家的机器学习指南
张俊鹏 2022-1-10 11:33
写在前面 在 PLoS Computational Biology 杂志中,曾经发表了一篇标题为《 Ten simple rules for biologists initiating a collaboration with computer scientists 》(图 1 )的文章。当生物学家想与计算机学家合作时,里面的第一条规则是:不要试图将计算机学家变成生物学家( Do not try to turn them into biolo ...
个人分类: 科普|1221 次阅读|没有评论
构建条件单细胞基因调控网络
张俊鹏 2022-1-7 10:33
写在前面 基于单细胞转录组数据,我们有机会在单细胞精度水平下研究基因调控( 单细胞水平 miRNA 调控 )。在上次,已经推荐了 CSN ( C ell- S pecific N etwork )方法来识别单细胞特异性基因网络。本次再介绍一个 CSN 改进方法: c-CSN ( C onditional C ell- S pecific N etwork )。 ...
个人分类: 科普|1636 次阅读|没有评论
因果推理综述推荐一篇
热度 1 张俊鹏 2022-1-4 21:30
因果推理可以让机器学习具备可解释性,将因果推理与机器学习结合,将是迈向人工智能 2.0 的关键步骤。既然这么重要,本次推荐 1 篇国产杂志《 Engineering 》邀约的综述性论文《 Causal Inference 》(图 1 )。 图 1 综述性论文《 Causal Inference 》 该综述性论文由国内外在因果推理领 ...
个人分类: 科普|1709 次阅读|3 个评论 热度 1
miRNA活性识别之因果推理方法
张俊鹏 2021-12-30 08:23
写在前面 因果推理模型除了识别 miRNA 靶基因( miRNA 靶基因识别之 IDA , miRNA 靶基因识别之 DirectTarget , miRNA 靶基因识别之 JointIDA 和 miRNA 靶基因识别之 hiddenICP ),而且还能够识别 miRNA 活性。这次说一下基于因果推理方法识别 miRNA 活性。 01 — 动机 ...
个人分类: 科普|1825 次阅读|没有评论
miRNA靶基因识别之hiddenICP
张俊鹏 2021-12-28 11:48
写在前面 前三次说了基于因果推理方法识别 miRNA 靶基因( miRNA 靶基因识别之 IDA , miRNA 靶基因识别之 DirectTarget 和 miRNA 靶基因识别之 JointIDA )。这次说一下基于 hiddenICP ( hidden I nvariant C ausal P rediction )因果推理方法识别 miRNA 靶基因。 01 — ...
个人分类: 科普|1571 次阅读|没有评论
miRNA靶基因识别之JointIDA
张俊鹏 2021-12-23 11:09
写在前面 前两次说了基于 IDA ( I ntervention calculus when the D AG is A bsent )因果推理方法识别 miRNA 靶基因( miRNA 靶基因识别之 IDA 和 miRNA 靶基因识别之 DirectTarget )。这次说一下基于 JointIDA ( Joint I ntervention calculus when the D AG is A bsent )因果推理方法 ...
个人分类: 科普|1489 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2022-1-24 08:28

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