科学网—zhangjunpeng的博文

单细胞基因组学的因果机器学习

张俊鹏 2025-4-20 15:45

单细胞基因组学的因果机器学习细胞是生命的基本单位，其功能和身份由复杂的物理和生化过程塑造。了解细胞过程中的因果关系对于揭示驱动细胞行为（如增殖、分化和凋亡）的复杂生物学机制至关重要，对于识别相关的信号分子、遗传突变或环境刺激至关重要，对于帮助开发癌症、神经变性疾病和代谢综合征等疾病的靶向治疗至 ...

个人分类: 科普|204 次阅读|没有评论

MNMO：多组学数据多层网络中发掘驱动基因

张俊鹏 2025-4-17 19:53

MNMO ：多组学数据多层网络中发掘驱动基因使肿瘤细胞具有选择性生存优势的驱动突变已被公认为癌症的病因。随着测序技术的发展，一些大型癌症项目积累了大量癌症基因组数据，如癌症基因组图谱（ TCGA ）和国际癌症基因组协会（ ICGC ）。通过利用海量数据，可以进行研究以识别包含驱动突变的驱动基因。早期 ...

个人分类: 科普|459 次阅读|没有评论

人类癌细胞中环状RNA功能景观

热度 1 张俊鹏 2025-4-14 18:20

人类癌细胞中环状 RNA 功能景观传统上，癌症生物学研究主要以蛋白质编码基因为中心。然而，最近转录组学研究的激增将焦点转向了癌症中其他类别的 RNA 分子。值得注意的是，源自人类基因组的 RNA 中有 90% 以上属于非编码 RNA （ ncRNA ），其中许多 RNA 的定义尚不明确。随着 RNA 治疗的最 ...

个人分类: 科普|592 次阅读|3 个评论热度 1

consexpressionR：一致差异基因表达分析工具包

张俊鹏 2025-4-13 11:17

consexpressionR ：一致差异基因表达分析工具包 Bulk RNA 测序（ RNA-Seq ）是一种在广泛背景下研究基因表达机制的流行方法。由于高通量测序技术的出现， RNA-Seq 研究的重要性显著增加，该技术能够以比以前方法更低的成本和更短的时间生成大量数据。处理和分析这些数据的计算方法也发展迅速。现代高通 ...

个人分类: 科普|478 次阅读|没有评论

GLACIER：解码空间细胞拓扑的因果驱动因素

张俊鹏 2025-4-9 20:43

GLACIER ：解码空间细胞拓扑的因果驱动因素多细胞生物依赖于在多个空间尺度上展开的精确协调的细胞间相互作用，包括直接、短程相互作用和间接、远程通信。例如，细胞通过释放配体分子直接相互交流，配体分子与相邻细胞上的受体结合，引发即时的信号变化。更广泛地说，转录因子（ TF ）可以启动跨细胞邻域级联的 ...

个人分类: 科普|660 次阅读|没有评论

scNET：整合单细胞数据与蛋白质互作学习上下文特异性基因和细胞嵌入

热度 1 张俊鹏 2025-4-7 19:37

scNET ：整合单细胞数据与蛋白质互作学习上下文特异性基因和细胞嵌入单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）数据通过揭示固有的细胞异质性，彻底改变了我们对复杂生物系统的理解。通常， scRNA-seq 分析涉及基于图聚类以识别不同的细胞群体，然后进行差异基因表达分析。这种方法突出了与特定细胞状态和功能 ...

个人分类: 科普|779 次阅读|3 个评论热度 1

SCEMENT：大规模单细胞转录组数据整合高效方法

张俊鹏 2025-4-4 10:56

SCEMENT ：大规模单细胞转录组数据整合高效方法已经开发了几种不同的方法，用于整合多个单细胞 RNA 转录组数据集，目的是消除跨越不同位置、实验室和条件的样品中固有的批处理效应，同时也保留生物学变异。目前可用的单细胞 RNA 转录组整合方法可以分为三大类：（ i ）将嵌入输出到诸如 PCA 的降 ...

个人分类: 科普|587 次阅读|没有评论

进入深度单细胞蛋白质组学时代

热度 1 张俊鹏 2025-4-4 10:54

进入深度单细胞蛋白质组学时代单细胞转录组学使在细胞分辨率下对生物系统进行了深入研究。尽管对生物医学科学的众多进展有帮助，但它仅提供有限的分子见解。单细胞蛋白质组学（ Single-cell proteomics ， SCP ）有望扩大可用的分析工具集，但到目前为止，吞吐量和蛋白质组学深度受到限制。为了应对这一 ...

个人分类: 科普|589 次阅读|1 个评论热度 1

肿瘤微环境中关键免疫生物标志物的泛癌空间表征

张俊鹏 2025-3-31 14:02

肿瘤微环境中关键免疫生物标志物的泛癌空间表征肿瘤在复杂的微环境中发展，微环境中含有多种免疫和基质细胞，这些细胞可以促进和抑制癌症进展。了解这些肿瘤免疫微环境（ TiME ）的细胞组成和空间组织对于开发更有效的治疗策略非常重要。为此，空间生物学技术，如多重免疫荧光（ mIF ），通过测量组织样本中的生 ...

个人分类: 科普|544 次阅读|没有评论

scMultiomeGRN：基于深度学习的细胞类型特异性基因调控网络推断方法

热度 1 张俊鹏 2025-3-28 16:50

scMultiomeGRN ：基于深度学习的细胞类型特异性基因调控网络推断方法定义细胞身份和状态之间的转换对于理解生物发育和人类疾病的机制至关重要。因此，探索这些转换可以揭示生物发育和人类疾病的潜在过程。基因调控网络（ GRN ）描述了转录调控因子与多个顺式调控 DNA 序列之间的复杂相互作用，在确定 ...

个人分类: 科普|849 次阅读|1 个评论热度 1

帐号		自动登录	找回密码
密码			注册

关闭 安全验证

zhangjunpeng

关闭安全验证