“观察者听命于自然界，而实验者则质询自然界”
----------居维叶
（一）观察科学与实验科学 按照伯尔纳对观察科学与实验科学区分的理论，①可以认为，从方法论的角度看，中医学是一种对研究对象不加干扰的观察科学，而近、现代西医学则是一种对研究对象的自然状况加以干扰的实验科学。如同对脉象的观察，中医学用“自然工具”的手指进行，而西医学用物化的工具——血压计和听诊器对肢体进行加压干扰，一个用触觉，一个用听力来获得血压变化等信息。这种区别如同居维叶（Curier）所说的那样，并且迫使自然界坦露她的奥秘。”①现在要思考的是：这种区别以及心悟诸法、实验方法对各自理论的检验作用和它们所体现出的主体精神。
一般说来，中西医学对理论的检验程序和要素是基本一致的，即从某种理论或假说出发，施加一定的手段或因素于研究对象，然后从施加对象的效应来推断理论或假说的逼真性如何。但是，细加分析，两者在对待出发点的理论或假说的心态上，以及施加因素和效应解释上都存在根本差别，而方法在造成这种差别时扮演了一个主要的角色。
（二）不同的评判尺度 伯尔纳指出：“实验的真正性质是作为一个外在的、无意识的标准，它只给出相对的真理，而不可能证明思想上绝对地认识到了真理。”①故实验“除了事实以外，不承认任何权威，并且不受个人权威的影响。”因此可以说，“实验方法在科学上引起的革命就是：确定了一个科学的标准，来代替个人的权威。”①使用这样一种方法的西方学者常常自觉地寻找理论的缺陷与错误，并且乐意按照检验的结果来改正错误。而心悟方法薰陶下的中医学家，却很少关注对理论中的不合理成分的批判，他们反思的不是理论，而是主体自我。他们把《灵枢》、《素问》、《神农本草经》、《伤寒论》当成“心始有定见”的“根柢者”（陈修园语）和无可置疑的准绳。可以说，“不向权威屈服的精神，是实验方法所看成的基本信条”；①而循规蹈矩，削自我之足适经典之履，则是心悟诸法的基本精神。这种基本精神的差异，决定了中西医学理论检验时的思维取向：一个是证伪，一个是认同。对于后者，明代医家方有执的一段话可以彰明。他尽20余载心血写成《伤寒论条辨》，而“心仲景之心，志仲景之志，以求合于仲景之道”，就是研讨心态的自我如实写照。
（三）丰富的个性与可重复的经验 实验方法的一个特点是它可以被不同的人在不同的时间重复，这就意味着“实验方法是不受个别人影响的，它用统一或牺牲个人特定观念来消除个性，并且把它们变成借助实验批判证实的普遍真理”。②而中医学心悟诸法却意味着个性成分将源源不断地注入理论和经验之中。从古至今汗牛充栋的中医学个人医案集，正是这种个性的丰富表现。于是，我们可以看到：西医学家不以重复别人的实验为耻，而以新的证实，特别是证伪为骄傲；而中医学家却以独有心得的诠释和灵活运用为自豪，即“贵能超乎规矩之外，不离规矩之中”（陈修园：《医法长沙》）。显然，这种个性的有无与理论检验的客观性密切相关。
（四）因果链：线性与非线性 为了检验理论，还必须以一定因果观为基础。西医学从科赫准则起，为了求得确切的因果关系，一方面尽量把“因”分离出来，成为一个简单的变量；另一方面以反证实验表明：“消除原因，就不出现结果”。这种因果观是线性的。而中医学的因果观大多是非线性的，或为一因多果：如“风之伤人也，或为寒热，或为热中，或为寒中，或为疠风，或为偏枯，或为风也”（《素问·风论》）；或为多因一果，如“风寒湿三气杂至，合而为痹也”（《素问·痹论》）；或是多因多果，如“以身之虚，而逢天之虚，两虚相感，其气至骨，入则伤五藏”（《素问·八正神明》）等等。这种复杂的因果观，显然给中医理论的检验带来重重困难。加之中医学的施加因素（如中药）也是复合的，其施加的对象又是一个不能加以分割和强令静止的活体，于是，中西医学的理论检验就形成了本质的差别。中医学从效果到施加因素，从施加因素到理论的各个环节，都存在着相当大的自由度，这些就成了中医理论逃避反证检验的避难所。
特别值得指出的是，西医学发展了比较实验，以排除那些虚伪的有效理论和偶然呈现的因果联系。而传统中医学医案所载的既不是对同一类病人治疗的反复验证，也并非对同一种疾病不同方法比较的经验，而多是常人少见的“疑难杂症”。其实，所谓“疑难杂症”是整个疾病谱中的特殊性和个别性，是疾病世界的偶然的一面。借助这种量少而又很难复验的治疗经验，要作出对理论的检验，实属困难。事实上，把这种个人的、局部的经验，上升为普遍的经验，或从理论加以推广移植，并不能取得重复的效果。
“因地、因时、因人制宜”的辨证施治也应该是一种实践的逻辑，它不能取代比较和重复这种检验理论的认识逻辑，当然也不能作为藉口来逃避这种检验。
按照流行的说法，发展中医学的当务之争是继承和总结老中医的经验。在我们看来，这其实只能是延续那种言不尽意的心悟诸法。从当代实证科学的基本精神出发，急待解决的是有关中医学的观察方法（如四诊）、基本理论（如八纲）的客观化研究，有关这些理论、方法的比较和重复的检验，把个人内心的东西转变成可以为公众察验的东西。只有这样，中医学的现代研究才有可能起步。
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