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测试| 成神颇难| 我的工具箱| 笑点低| 数学轮子| MetaPaper| 旧| github|

Windows下的bash环境及path环境变量设置: 李继存 2016-8-24 05:28; 在Windows系统下, 如果想要使用bash及其附带工具的话, 有很多解决方案, 但我在这里只推荐两种自己觉得比较简单的方案. CygWin CygWin 是Windows下模拟Linux环境的成熟方案, 功能强大, 兼容性好, 但缺点在于文件过多, 安装耗时, 且自带的许多程序版本较老. 如果仅仅是为了使用bash的一些小工具就安装的话, 有点大材小用 ...; 12641 次阅读|没有评论

太阳能电池效率的计算: 热度 1 李继存 2016-8-10 00:45; 在论文 Marco Bernardi, Maurizia Palummo, Jeffrey C. Grossman; Semiconducting Monolayer Materials as a Tunable Platform for Excitonic Solar Cells; ACS Nano 6(11):10082-10089, 2012; 10.1021/nn303815z 中讨论了一种计算太阳能电池效率的方法, 并给出了效率与材料参数的关系图, 对研究太阳能电池的人有一定参考 ...; 9800 次阅读|6 个评论热度 1

Packmol程序资料整理: 李继存 2016-8-6 04:54; 2016-08-05 15:40:42 Packmol是一个常用的用于构建复杂体系的程序, 使用简单, 速度不错. 这里是翻译并整理的其官方网站上的一些资料, 供参考. 点击这里下载我编译好的Packmol程序(Windows 7 64位)以及自带的示例文件. PACKMOL: 利用堆积优化方法创建分子动力学模拟所需的初始构型 PACKMOL 通过在定义的空间区域 ...; 25176 次阅读|没有评论

GROMACS电场的使用: 热度 2 李继存 2016-6-30 00:26; 2016-06-29 11:05:40 GROMACS源代码中有关电场的代码至少可追溯至3.3版本, 但由于低版本手册中没有提及, 所以很多人以为GROMACS是不支持电场的. 在GROMACS 5.x版本的手册中虽然提到了电场的选项, 但仍语焉不详, 且说明与实际代码实现不一致, 导致很多误解. 在这里, 我根据网上查阅到的资料, 以及源代码和实际测试, 对 ...; 7352 次阅读|6 个评论热度 2

分子尺寸大小的计算: 热度 1 李继存 2016-6-24 23:34; 2016-06-24 10:28:49 经常有人询问怎么计算分子的尺寸大小. 对这个问题, 首先要明确所谓分子的大小, 并不是一个确定的物理量, 而是基于某些模型下的一些经验值. 根据不同的假定, 得到的分子大小也不同. 因此, 你可能发现, 对同一分子, 并没有统一的大小数据, 不同人所引用的尺寸数据可能差距很大. 更多讨论可参考Sobe ...; 30626 次阅读|2 个评论热度 1

Matlab插值曲面及其曲率的计算: 李继存 2016-6-21 00:21; 2016-06-20 10:41:02 对未知曲面进行插值, 在处理数据中经常用到. 我们这里所谓的曲面, 指的是以 $x, y, z$ 坐标给出的一些点. 这些点决定了一个单值曲面 $z=f(x,y)$, 但我们并不知道 $f(x,y)$ 的具体形式. 否则的话, 我们就可以进行拟合, 而无须插值了. 给出的格点数据可分为两类. 一类是规则数据, 也称均匀数据, ...; 16739 次阅读|没有评论

【译】蛋白质折叠问题50年的历程: 李继存 2016-6-8 23:47; 2016-06-08 10:40:58 翻译整理: 李继存; 校对: 王浩博【按】文章来源于Science上的一篇论文 . 对于此文网上原有一翻译 , 未知译者, 但尚嫌粗糙, 且舛误颇多. 我以其为底稿, 重新翻译整理后, 供大家参考. The Protein-Folding Problem, 50 Years On 蛋白质折叠问题50年的历程 Abstract 摘要 The prote ...; 16973 次阅读|没有评论

使用GitHub的issue存储数据: 李继存 2016-6-2 23:18; 2016-06-02 10:06:38 这几天想给自己的博客页面增加一个随机名言的功能, 效果就像你打开时看到的这样. 把需要的名言直接写在js代码当中, 随机抽取显示很容易实现. 但我不希望这样, 因为如果有很多名言的话, js代码就会变得很大, 拖慢了加载速度. 所以就想着使用ajax来访问一个页面,这个页面在每次访问时会随机返回一 ...; 5224 次阅读|没有评论

GROMACS轨迹周期性边界条件的处理: 热度 1 李继存 2016-6-1 03:37; 2016-05-31 11:22:44 整理: 刘世恩; 补充: 李继存使用GROMACS完成模拟后, 有时需要对轨迹的周期性边界条件(PBC)进行处理. 可能的目的主要有两个: 为了观看轨迹时分子保持完整, 不产生断键或过长的键, 同时未解离的复合物保持在一起; 为了对选定的中心分子进行居中, 以便进行后面的分析. GROMACS的大多数分析工具都会 ...; 21275 次阅读|1 个评论热度 1

分子模拟之道在线讲座: 李继存 2016-5-21 00:27; 最新一期【刘胜堂】An In Silico study of graphene interaction with twenty standard amino acids in aqueous solution 【时　间】2016-5-22 周日下午 13:00-14:00 往期回顾【杜　星】温度副本交换动力学T-REMD 【时　间】2016-5-15 周日下午 13:00-14:00 【王　森】富有机质页岩孔隙内的的毛管压力【时　 ...; 4841 次阅读|没有评论

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