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- 力场与拓扑之二：如何选择力场
- 2015-12-08 22:27:19 待补充, 参考Sobereva 力场瞎总结 , 磷脂膜模拟的力场瞎总结 . 性能 模拟有机小分子热力学性质用Charmm generalized = OPLS-AA = GAFF，但实际上GAFF已经很好了。它们计算各种有机分子的密度、蒸发焓都很准确，但是介电常数、等温压缩系数计算得都一般。GAFF对于带有硝基的分子不好。OPLS和GAFF ...
- 力场与拓扑之一：力场的概念分类及发展方法
- 2015-12-08 22:24:58力场的概念及其分类 力场(Force Field, 常简写为FF)这个物理学名词听起来有点高深, 可如果理解了它的含义你就会觉得这是很自然的一个概念, 没有什么特别之处. 在中学物理或者初等力学中, 研究物体的运动都是从分析其受力出发的, 可以说是以力为基础, 这也是称为力学的原因. 牛顿第二定律直接将物体的受 ...
- 使用AmberTools+ACPYPE+Gaussian创建小分子GAFF力场的拓扑文件
- 2015-12-08 22:16:10 使用AMBER的GAFF力场处理有机小分子有很大的优势, 可惜的是GROMACS没有自带GAFF力场, 所以需要组合使用各种软件组合来实现. 这里我们使用的是AmberTools和ACPYPE. 要想使用AmberTools和ACPYPE创建小分子的GAFF力场, 需要先安装这两个工具. 但Windows下AmberTools的安装并不容易. 在这里我提供一个已经 ...
- Windows下GROMACS程序的编译
- 2015-12-07 22:12:05 总的来说, Windows下的GROMACS程序用于模拟意义不大, 对于长时间的模拟, 我都是放在Linux服务器上进行的. 但将Windows下的GROMACS程序作为一个辅助工具来使用还是有意义的. 因为大多数时候, 我都是在Windows下准备输入文件的, 然后测试一下准备好的输入文件是否能正确生成.tpr文件, 简单测试一下生成 ...
- Windows下的AmberTools+RESP+ACPYPE
- 2015-12-06 20:44:26 当需要使用 AmberTools 处理小分子时, 我们首先要安装AmberTools. 在Linux下安装这个工具或许并不太难, 但要想在Windows下安装并不简单. 此外, 如果我们只是使用AmberTools中的几个工具, 将它们全都装上也没有必要. 所以, 我在这里介绍一下在Windows下如何整合一个简单的AmberTools程序包用于处理小分 ...
- PyMOL的体数据渲染
- 热度 1
- 2015-12-01 16:03:08 看到新版 PyMOL的体数据渲染功能 增强了, 就想试一试. 最新版的PyMOL在Windows下目前还没有直接的安装文件供下载, 需要自己安装. 参考下面的资料 Windows下如何安装PyMOL PyMOLWiki: Windows Install How to install and compile Pymol (windows linux) 将安装方法简记如下: ...
- 【转】高清图解人类胎儿发育过程
- 2015-11-29 19:43:19 纳特 尼尔森（Lennart Nilsson）出生于1922年，瑞典人，最早是作为一名自由摄影师，为斯德哥尔摩的一家出版社工作。 尼尔森一直对生物学很感兴趣，于是在60年代前后，他决定把人类胚胎发育的每一步过程都拍录下来。这项计划得到了美国《生活》（Life magazine）杂志的支持，在4年的努力之后，尼尔森完 ...
- 统计蛋白质空腔或通道内的水分子数目
- 2015-11-20 17:11:25问题 分子动力学模拟得到轨迹后, 如何统计一定区域内溶剂分子的个数? 例如, 蛋白质某个通道或某个空腔内水分子的个数. 解答 这个问题在生物模拟中常见, 在一些材料模拟中也会遇到, 但由于计算不易, 所以进行这种分析的文章不多见. 下面是我想到的做法, 记在这里供大家参考. 首要问题就是, 如何确 ...
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