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- GROMACS选区(selection)语法及用法
- 翻译: 陈珂; 修订: 李继存 选区用于选择原子/分子/残基以进行后续分析. 与传统索引(index)文件不同, 选区可以是动态的, 即, 可以对轨迹中的不同帧选择不同的原子. GROMACS手册的第八章《分析》中有一小节对选区进行了简短的介绍, 并给出了一些建议. 当你初次接触选区概念时, 这些建议可帮助你熟悉它. 下面将就选区的 ...
- 【转】全球排名前50的照片
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- 2015-12-29 16:23:55 水边的女孩 球来了！ 天空 回到一样的海 树 小狗 闪光的球 哇？唔 闭上眼睛的一跳 宇航员在地球上方的自拍像 红色的秋 Flickr爱好者日内瓦聚会 如果我是一幢老楼 海中的海 猫 飞越金门大桥 红光 ...
- 屏幕录制软件
- 2015-12-28 17:14:01 在做教程或网络培训时, 经常需要将屏幕上的操作或展示录制下来, 以便将来查看或给别人观看. 录屏软件就是要解决这个问题的. 下面是我在查找这类软件时找到的一些资料, 希望对大家选择软件能有所帮助. 总览 - 免费录屏软件总览 Camtasia Studio 功能最强大, 推荐使用 具体版本选择请参考 微课录屏软件 ...
- 【转】空间的尺度：从10亿光年到0.1飞米
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- 2015-12-23 11:51:56来源 你来感受一下宇宙从10亿光年到0.1飞米的视觉，绝对震撼！ Travel with NASA from biggest to the smallest Secret Worlds: The Universe Within 韩文 你来感受一下宇宙从10亿光年到0.1飞米的视觉，绝对震撼！ 10亿光年(10 25 米) 十亿光年，是一个什么概念呢？ 光年，光走 ...
- 【转】物理实验动态图
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- 2015-12-22 22:20:03 一切看似不可思议的现象，背后都有着独特的物理原理。 1、隐形球 原理：让球隐身的关键在于相似的折射率。 这里的小球是高吸水性材料，它们的吸水性实在太强，以至于吸满水时的折射率已经和纯水没有多大差别，因此当浸入水中时，它们自然就与背景融为一体了。 花絮：事实上，只要调配一种折射 ...
- 【转】机械动态图
- 2015-12-22 22:19:37 机械动图开过来了，注意啦 作为机械工程师，你见识的巧妙结构、机构越多，设计思路也就越开阔。齿轮、梁板、凸轮、滑轨……看似简单的零部件，被天才工程师巧妙地组合到一起，就能精确完成各类复杂的工作。 这张就够你看一年了 100多年前，古老自鸣钟的自动报时小鸟机构 别小瞧一直原子笔， ...
- 【转】男鹿和雄：宫崎骏动漫里的唯美夏天，原来都是他画的
- 2015-12-20 20:00:55 每到夏天，人们就会想起宫崎骏的动画，那些充满温暖和童趣的故事总能让人内心宁静。尤其是动画中关于夏天的场景，充满了清新自然的色彩和神秘幽静的氛围，让人有一种回到乡下童年的感觉。 然而，你不知道的是，宫崎骏动画中这些唯美的夏天场景大多都是出自男鹿和雄之手，这个默默耕耘的插画师不仅 ...
- TPPMKTOP：OPLS-AA全原子力场的GROMACS拓扑文件生成器
- 2015-12-10 21:03:38 本文译自 All-atom automatic OPLS-AA topology generator , 为TPPMKTOP的说明文档. 生成OPLS-AA力场的拓扑文件非常复杂, 因为此力场包含的原子类型非常多, 超过800种. 但即便使用如此多的原子类型, OPLS-AA力场仍不可能描述所有分子的化学结构. 因此, 当文献中给出了新化学片段的参数后, OPLS-AA ...
- 力场与拓扑之四：GROMACS力场拓扑文件的创建
- 2015-12-08 22:45:52创建分子的拓扑文件: 理论考虑 在利用GROMACS模拟一些不常见的分子时, 首先要解决的一个问题就是如何得到分子的拓扑文件. 对于没有力场参数的分子, 这是一个难点. 只有理解了力场的概念, 明白了拓扑文件的结构, 清楚处理过程中每步的含义, 才不至于被网上众多的教程和工具弄糊涂. 理论上说, 对每种分子 ...
- 力场与拓扑之三：GROMACS力场及拓扑文件说明
- 2015-12-08 22:43:26GROMACS所带的力场 安装后, GROMACS自带的力场文件放于GROMACS主目录/share/gromacs/top(对安装文件放于GROMACS主目录/share/top). 以GROMACS 5.1.1安装文件为例, 打开这个目录, 可以看到文件夹下有许多以.ff结尾的目录, 那就是各个力场的目录. GROMACS自带了四类力场: AMBER, CHARMM, GROMOS, OPLS ...
