Amber构建脂分子的方法

李继存 2017-4-6 08:29

2017年04月05日 19:23:46 【按】以下翻译自 Amber 16手册 . 13.6.2 使用GLYCAM-06参数构建脂分子 遵循这里讲述的步骤, 用户可以得到一个简单的脂分子, 但在构建过程中我们没有考虑它的轴向排列情况. 脂双层通常放置在直角坐标系统的(x, y)平面内, 这要求每个脂分子以从亲水”头”端到憎水”尾”端的顺序沿z方向排列. ...

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Amber构建寡糖的方法

李继存 2017-4-4 09:55

2017年04月03日 20:43:00 【按】以下翻译自 Amber 16手册 . 13.6 构建寡糖, 脂和糖蛋白GLYCAM网站支持的功能 GLYCAM网站 可以自动生成下面的分子, 且支持许多附加选项. 该网站的功能正在扩展中, 目前可用的功能包括: 寡糖, 线性和枝状的 糖蛋白, 与O或N相连的, 含有多个糖单元 通过URL构建寡糖 AmberTool ...

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糖及其GLYCAM力场中的命名约定

李继存 2017-3-31 22:34

2017年03月31日 09:06:33 子曰：“必也正名乎！名不正，则言不顺；言不顺，则事不成。故君子名之必可言也，言之必可行也。” 　　　　　　　　　　　　　　　　——《论语·子路》 道可道非常道。名可名非常名。无名天地之始。有名万物之母。 　　　　　　　　　　　　　　　　——《老子·第一章》 【按】以下说 ...

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统计轨迹中分子速度大小沿某一方向的分布

李继存 2017-3-29 22:31

2017年03月29日 09:25:09 写过一个简单的awk脚本, 用来统计轨迹中水分子的质心速度大小沿坐标的变化情况, 目的是可以用来拟合计算粘度. 具体的计算方法可参考: A Comparison Of The Value Of Viscosity For Several Water Models Using Poiseuille Flow In A Nano-channel A. P. Markesteijn, Remco Hartkamp, S. L ...

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【整理】APBS教程

李继存 2017-3-13 10:26

2017年03月12日 20:57:37 【按】在算MM/GBSA或MM/PBSA时可能会用到APBS程序. 网上有一个此程序低版本文档的翻译, APBS教程 . 翻译得不够专业, 也不大通顺, 但大致可以作为入门资料. 我对这份文档稍加整理, 希望对将要使用APBS的人有所帮助. 大致而言, 对要使用APBS做静电势能表面图的人, 参考文档前三章足够了; 对要 ...

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pdf文件标签管理工具Taggie

李继存 2017-2-26 10:43

2017年02月25日 20:02:23 整理: 文博; 补充: 李继存 以前的时候开发过一个 基于标签的桌面搜索工具 Taggie , 虽然可用, 但性能不够好, 所以就没有发布. 现在基于Everything将这个工具重新改写了一下, 性能没问题了, 但只能用于pdf文件, 尤其适用于科学论文pdf文件的整理和搜索. 毕竟, 对做科研的人来说, 阅读这种文件 ...

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OriginPro 2017中文版

热度 2 李继存 2017-2-24 10:57

2017年02月23日 20:33:20 我以前发布过 Origin 7.5 SR7汉化版 , 后来想着在此基础上做个Origin 2016的汉化版. 可工作量有点大, 一时没有完成. 最近想重新拾起来继续做下去, 可一了解才知道原来已经有了官方的 Origin 2017 中文 Beta 版 . 虽然目前只是个测试版本, 但我也就没有必要继续汉化了, 还是等着官方出最终的 ...

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GROMACS QM/MM教程5：胸腺嘧啶二聚体的修复

李继存 2017-2-23 09:51

原始文档 QM/MM calculations on thymine dimer repair 以及 此处 ; 最后更新: 28/10/08 2017年02月22日 15:32:02 翻译: 葛会林(中国热带农业科学院分析测试中心); 校对: 李继存 引言 链内胸腺嘧啶二聚体化(图1)被认为是在紫外辐射下导致DNA损伤的最常见的过程. 胸腺嘧啶二聚体的形成具有潜在的重要生理学意义. 这 ...

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GROMACS QM/MM教程4：使用连接原子

李继存 2017-2-15 06:53

原始文档 QM/MM SIMULATION 2017年02月14日 15:20:45 翻译: 郑伟中; 校对: 李继存 此 链接 提供了一个很好的QM/MM教程, 但它有点复杂, 而且缺少一些细节以致初学者很难重复整个教程. 因此, 我们利用一个简单的体系来帮助初学者一步一步地进行一个QM/MM模拟. 前提条件 在开始此教程之前, 我们假定: GROMACS和G ...

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