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AMBER基础教程B3 色氨酸肽笼的全原子结构预测和折叠模拟: 李继存 2018-5-17 09:16; Ross Walker 原始文档 2018-05-16 19:56:42 翻译: 张少波; 校对: 李继存初始线型结构色氨酸肽笼的NMR结构(1L2Y) 本教程旨在作为一个案例研究, 向您展示如何重现以下文章中讨论的工作: Simmerling, C., Strockbine, B., Roitberg, A.E., J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 11258-11259 ...; 12510 次阅读|没有评论

xpm文件处理脚本: 李继存 2018-5-10 08:06; 2018-05-09 17:57:54 在输出二维矩阵数据时, GROMACS经常会使用xpm格式的文件. 虽然这种格式的文件可以使用 xpm2ps 转换为ps图片格式之后再查看, 但终究多了一步命令, 不甚方便. 我们需要找到一种方法, 直接双击就能查看xpm文件, 和查看其他图片格式一样. xpm是一种图片格式, 有些图片查看程序是支持这种格 ...; 6757 次阅读|没有评论

AMBER高级教程A17: 伞形采样计算平均力势PMF: 李继存 2018-4-27 06:05; Ross Walker Thomas Steinbrecher, 原始文档 2018-04-26 16:53:52 翻译: 刘杰在本教程, 我们将学习怎样结合Alan Grossfiled的加权直方图分析方法(WHAM)去产生平均力势. 通常我们可能想要知道自由能随特定反应坐标的分布情况. 这种分布被称为平均力势, 它对识别过渡态, 中间产物和终点的相 ...; 15250 次阅读|没有评论

GROMACS自由能计算中软核势的使用: 李继存 2018-4-26 05:41; 2018-04-25 16:24:25 The following is my notes about the GROMACS Soft-Core Potential for Free Energy Calculation Theory The soft-core potential between two states A and B is defined as V s c ( r ) = ( 1 − λ ) ...; 3767 次阅读|没有评论

自动下载喜马拉雅音频文件: 李继存 2018-4-21 20:25; 2018-04-21 07:15:53 喜马拉雅网站上有一些有价值的音频可以下载, 但手动下载的话很是麻烦, 所以就看了一下能不能自动下载. 鉴于每个音频的网址好像是随机生成的, 所以没有办法完全自动下载, 只得利用autohotkey模拟手动下载, 速度慢点, 但还可用. ahk 1 2 3 4 5 ...; 3007 次阅读|没有评论

Amber教程：涉及非标准残基的模拟: 李继存 2018-4-19 20:32; Vlad 原始文档 2018-04-19 07:22:01 翻译: 许楠(浙江大学) 目标本教程这一部分介绍创建 sander 输入文件所需要的AMBER程序/工具, sander 将使用它们执行非标准残基的能量最小化和分子动力学模拟. 本节采用的主要程序是 LEAP : 它是一个读入力场, 拓扑结构和坐标信息, 并生成正式计算(即能 ...; 12535 次阅读|没有评论

AMBER高级教程A12：使用Amber11处理聚脯氨酸: 李继存 2018-4-18 20:30; V. Babin and C. Sagui, April 27, 2010 原始文档 2018-04-18 07:21:03 翻译: 吴伟(东华大学) 摘要本文介绍了几种利用sander程序(Amber 11中的MPI程序包)评估一条短聚脯氨酸链构象是否达到平衡的方法. 特别地, 本文还阐述了所谓的”拉伸分子动力学”和著名的”副本交换” 协议. 这篇文章的意图是 ...; 4679 次阅读|没有评论

实时改变GROMACS拓扑的分段模拟方法: 李继存 2018-4-10 09:37; 2018-04-09 20:30:24 问 : 有没有办法在GROMACS运行中根据一定的条件改变体系的拓扑文件? 没有, 除非去修改GROMACS的源代码. 目前的大多数MD程序, 其体系的拓扑都是固定的, 是在运行前就决定的, 在整个MD运行过程中都不会改变. 只有这样, 程序才可以方便地进行并行化, 提高性能. 如果在运行时每一步都要重 ...; 2684 次阅读|没有评论

AMBER教程C3：CPPTRAJ中的主成分分析: 李继存 2018-4-5 10:27; Thomas E. Cheatham III, Daniel R. Roe Rodrigo Galindo-Murillo, AMBER 2015伦敦学术沙龙分析入门: 主成分分析简介原始文档 2018-04-04 21:25:04 翻译: 席昆(武汉大学) 本教程将使用 CPPTRAJ 中的主成分分析(PCA, principal component analysis )来研究序列为 d(GCACGAACGAACGAACGC) 的3 ...; 8620 次阅读|没有评论

AMBER高级教程A2：耦合势的QM/MM(量子力学/分子动力学)模拟: 李继存 2018-4-4 09:54; Ross Walker, 更新至AMBER15 原始文档 2018-04-03 20:48:38 翻译: 席昆(武汉大学) 自AMBER9发布以来, AMBER实现了通过完整的长程静电(PME)处理或者隐含水的广义波恩(GB)模型来进行快速且准确的耦合场下半经验的QM/MM模拟. 本教程是依据AMBER15中的第10部分的理论, 将系统部分用量子力学计算模拟处 ...; 9915 次阅读|没有评论

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