四个参数的大象与傅立叶变换

热度 2 李继存 2015-6-8 04:19

2015-06-07 14:40:47 冯诺依曼有句话经费米引用之后变得非常出名: With four parameters I can fit an elephant, and with five I can make him wiggle his trunk 刑志忠在一篇博文 费米与大象 中对这个故事有详细的说明. 最近的那篇文章中使用了四个复数来描绘大象的轮廓, 这其实有点耍赖的味道. 4个复数, 再加上一个 ...

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PDB文件格式说明

李继存 2015-6-6 09:39

2015-06-05 20:31:19 2017-01-22 20:09:21 据参考资料增补 PDB(Protein Data Bank)是一种标准文件格式, 其中包含原子的坐标等信息, 提交给 Protein Data Bank at the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) 的结构都使用这种标准格式. 这里整理网上已有的一些资料, 对PDB格式做个简短介绍. ...

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GROMACS中文教程之漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究

热度 1 李继存 2015-6-4 03:56

漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究: Amber99SB-ILDN力场(基于GROMACS 4.6版本) 概述 分子动力学模拟 理解预平衡 第一步: 获取并处理pdb文件 第二步: 用pdb2gmx获得拓扑文件 第三步: 创建模拟盒子 第四步: 蛋白质分子真空中的能量最小化 第五步: 向盒子中填充溶剂及离子并进行能量最 ...

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GROMACS中文手册译后记

热度 6 李继存 2015-5-29 11:32

2015–05–28 21:22:05 断断续续地, 终于译完了GROMACS手册. 这是我第一次翻译这么长长的文档, 希望这不是最后一次. 现在回头看来, 自从2014年11月开始动手翻译以来, 时间已经过去了半年多. 白驹过隙, 马齿徒增. 这个翻译工作权且作为我生命中这段时间的一个注记吧. 翻译这么长长的文档, 也着实不易. 不记得有几次, ...

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MatLab中英文字体设置

李继存 2015-5-9 02:38

2015-05-08 13:27:21 最近新装了2014版的MatLab, 发现代码里面的中文注释无法显示. 搜索后得知这是因为使用的是英文字体. 我一般使用consolas作为代码字体, 但这种字体不包含中文, 也就无法显示中文. 网上给出的解决方案有两种: 修改注册表的fontlink 这种解决方案很优雅, 对一些软件如记事本也适用, 但根据我的试验 ...

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Google Book破解下载方法

李继存 2015-4-16 21:52

2015-04-15 14:08:32 Google Book上有很多书, 但大多数的阅览受限制, 只能看到很少的几页. 网上流传有一些工具, 也有一些破解的方法, 年代都比较久远了, 但是基本的思路还是适用的. 我研究了一下, 把实现方法记在这里, 供有兴趣的人参考. 对每一本书, 使用如下的url http://books.google.com/books?id=_wZpJ5XxMtkClpg ...

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使用Notepad2查看编辑GROMACS文件

李继存 2015-4-16 03:05

2015-04-14 20:52:38 在运行GMX的时候, 经常需要查看编辑相关文件, 这些文件主要分为两类, 文本文件和结构轨迹文件. 文本文件主要是运行的输入文件*.gro, *.top, *.ndx, *.mdp和输出文件*.log, *.xvg. 这些是查看编辑次数最多的文件. 为了查看的时候直观方便, 建议尽量不要使用Windows系统自带的记事本, 而是使用支持语法高 ...

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碳纳米管的构建方法

李继存 2015-4-14 20:27

2015-04-13 20:59:31 看到一篇老的文献 Helical and rotational symmetries of nanoscale graphitic tubules, PRB, 1993, 47, 5485 , 介绍了纳米管的构建方法, 就研究了一下, 弄明白了, 记在这里, 顺便写了个在线的小工具, 方便使用. 如果你在使用过程中发现问题, 欢迎告知$.$ 理论基础 碳纳米管可由石墨烯沿某一方向卷 ...

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【译】光学：超级透视

热度 1 李继存 2015-3-21 06:42

2015-03-20 17:36:34 【按】2015为国际光学年, 著名期刊上有很多相关的内容. Optics: Super vision , Nature 518, 158-160 (12 February 2015) doi:10.1038/518158a 就是其中的一篇新闻综述报道. 科学网上有相应的摘译 可见光也能”透视”肉身 , 但忽略了一些内容. 我根据原文对红枫原来译文进行了修正和补译, 供感兴 ...

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