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GROMACS教程之: 计算蛋白质不同螺旋之间的夹角: 李继存 2015-8-11 03:22; 计算蛋白质不同螺旋之间的夹角整理: 王浩博; 补充: 李继存在蛋白质模拟中有时需要分析不同螺旋之间的夹角, 并利用它来表征蛋白质的不同状态. 本文档讨论如何利用GROMACS计算不同螺旋之间的夹角. 定义螺旋轴的轴矢量不同螺旋之间的夹角, 实际就是不同螺旋轴的轴矢量之间的夹角. 所以首先必须明确定义螺 ...; 7060 次阅读|没有评论

高斯禁售名单中的中国机构: 李继存 2015-8-2 10:17; 2015-08-01 21:04:11 在中国, 使用高斯做量子化学计算的人很多, 但美国政府有一个禁售名单, 其中有川大、西北工大、北航、电子科大、工程院九所等机构. 下面的名单来自被美国政府禁止出口的国内企业与学术单位列表 . 此外, 高斯还有一个禁止使用的黑名单, 讨论见量子化学软件Gaussian为什么要把很多大牛和高校列入禁止 ...; 21560 次阅读|没有评论

GROMACS模拟空间非均相体系(板块结构)的并行性能: 区域分解与PME: 李继存 2015-7-22 05:17; GROMACS模拟空间非均相体系(板块结构)的并行性能: 区域分解与PME节点设置翻译: 李继存原始文档: Kathleen Kirchner, On the performance of parallelized Gromacs simulations of spatial inhomogeneous system (Slab geometry): domain decomposition and PME nodes 译者按要提高GROMACS的运行 ...; 10577 次阅读|没有评论

GROMACS中的相关函数拟合: 李继存 2015-7-21 10:48; 2015-07-20 21:19:41 在GROMACS的处理程序中对各种相关函数的拟合经常使用Legendre多项式, 我不是很理解其含义, 就查阅编译了一些资料, 放在这里, 供人参考. 由于我的理解可能不够深刻, 如果有错误之处, 欢迎指出$.$ …the property of random variables taking values, at pairs of locations a certain distance apart, ...; 4991 次阅读|没有评论

绘制反应机理势能面的小工具: 李继存 2015-7-16 01:03; 2015-07-15 10:03:33缘起在使用量子化学计算反应机理的论文中, 经常需要绘制反应的势能面(或称势能剖面图). 我以前也做过从头算方面的工作, 曾经写了一个Fortran小程序用来帮助绘制势能面. 主要思路是给出各个反应物种的能量及相对位置, 然后使用程序生成Origin的数据文件, 将数据文件导入Origin就可以直接绘出势能面了. ...; 12726 次阅读|没有评论

使用GROMACS计算MM-PBSA结合自由能: 热度 2 李继存 2015-7-9 02:36; 使用GROMACS计算MM-PBSA结合自由能整理: 李继存基础知识计算工具 1. GMXPBSAtool 2. g_MMPBSA 几点说明参考资料; 9507 次阅读|5 个评论热度 2

一维谐振子薛定谔方程的数值解: 李继存 2015-7-6 06:02; 2015-07-05 16:28:58 对微分方程$.$ ( d 2 d x 2 + f ( x ) ) y ( x ) = 0 可采用努梅罗夫方法求其数值解. 求解时, 先对 x 进行均匀离散化. 若已知前面两点 x n − ...; 7454 次阅读|没有评论

GROMACS教程: 创建周期性体系的拓扑文件: 以石墨烯为例: 李继存 2015-7-2 10:26; 整理: 阮洋; 修订: 李继存概述 1. 获取石墨烯的结构文件 2. 确定使用的力场 3. 准备n2t文件 4. 生成拓扑文件 5. 检查并修改拓扑文件 6. 运行模拟总结参考资料 ◆本文地址: http://jerkwin.github.io/9999/10/31/GROMACS中文教程/ , 转载请注明◆; 6249 次阅读|没有评论

Office和EndNote的小技巧: 李继存 2015-6-25 01:12; 2015-06-24 09:18:00如何得到Word和PowerPoint文档中插入图片的原始文件? 在Word或PowerPoint中插入的图片显示时会被压缩, 和原始文件不同. 将这种的图像复制或另存后得到的图像和原始图像相比分辨率会降低, 看起来不是很清晰. 在Office2003及以前的版本中, 我们可以将Word或PowerPoint文档另存为网页HTML文件, 这样就能 ...; 4233 次阅读|没有评论

在PPT中动态展示分子三维结构的三种方法: 李继存 2015-6-14 08:32; 2015-06-13 19:07:22 在一些课程的授课当中, 经常需要展示分子的结构, 下面整理了三种可以在PPT中使用的方法, 请根据自己的情况选择. 方法一: 使用DS Viewer Control(麦裕华, 肖信) 加拿大Accelrys(原MSI)公司开发了显示化学分子信息的Weblab Viewer软件, 该软件支持OLE和ActiveX Control, 其控件拓展程序即是Viewer Contro ...; 14182 次阅读|没有评论

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