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力场与拓扑之一：力场的概念分类及发展方法: 李继存 2015-12-9 12:59; 2015-12-08 22:24:58力场的概念及其分类力场(Force Field, 常简写为FF)这个物理学名词听起来有点高深, 可如果理解了它的含义你就会觉得这是很自然的一个概念, 没有什么特别之处. 在中学物理或者初等力学中, 研究物体的运动都是从分析其受力出发的, 可以说是以力为基础, 这也是称为力学的原因. 牛顿第二定律直接将物体的受 ...; 14483 次阅读|没有评论

使用AmberTools+ACPYPE+Gaussian创建小分子GAFF力场的拓扑文件: 李继存 2015-12-9 12:59; 2015-12-08 22:16:10 使用AMBER的GAFF力场处理有机小分子有很大的优势, 可惜的是GROMACS没有自带GAFF力场, 所以需要组合使用各种软件组合来实现. 这里我们使用的是AmberTools和ACPYPE. 要想使用AmberTools和ACPYPE创建小分子的GAFF力场, 需要先安装这两个工具. 但Windows下AmberTools的安装并不容易. 在这里我提供一个已经 ...; 27105 次阅读|没有评论

Windows下GROMACS程序的编译: 李继存 2015-12-8 12:28; 2015-12-07 22:12:05 总的来说, Windows下的GROMACS程序用于模拟意义不大, 对于长时间的模拟, 我都是放在Linux服务器上进行的. 但将Windows下的GROMACS程序作为一个辅助工具来使用还是有意义的. 因为大多数时候, 我都是在Windows下准备输入文件的, 然后测试一下准备好的输入文件是否能正确生成.tpr文件, 简单测试一下生成 ...; 14461 次阅读|没有评论

Windows下的AmberTools+RESP+ACPYPE: 李继存 2015-12-7 11:01; 2015-12-06 20:44:26 当需要使用 AmberTools 处理小分子时, 我们首先要安装AmberTools. 在Linux下安装这个工具或许并不太难, 但要想在Windows下安装并不简单. 此外, 如果我们只是使用AmberTools中的几个工具, 将它们全都装上也没有必要. 所以, 我在这里介绍一下在Windows下如何整合一个简单的AmberTools程序包用于处理小分 ...; 10019 次阅读|没有评论

PyMOL的体数据渲染: 热度 1 李继存 2015-12-2 06:43; 2015-12-01 16:03:08 看到新版 PyMOL的体数据渲染功能增强了, 就想试一试. 最新版的PyMOL在Windows下目前还没有直接的安装文件供下载, 需要自己安装. 参考下面的资料 Windows下如何安装PyMOL PyMOLWiki: Windows Install How to install and compile Pymol (windows linux) 将安装方法简记如下: ...; 6319 次阅读|1 个评论热度 1

统计蛋白质空腔或通道内的水分子数目: 李继存 2015-11-21 07:21; 2015-11-20 17:11:25问题分子动力学模拟得到轨迹后, 如何统计一定区域内溶剂分子的个数? 例如, 蛋白质某个通道或某个空腔内水分子的个数. 解答这个问题在生物模拟中常见, 在一些材料模拟中也会遇到, 但由于计算不易, 所以进行这种分析的文章不多见. 下面是我想到的做法, 记在这里供大家参考. 首要问题就是, 如何确 ...; 4655 次阅读|没有评论

构建特殊GROMACS构型的脚本: 热度 1 李继存 2015-11-9 12:39; 2015-11-08 20:33:55 在涉及小分子溶液体系的模拟中, 经常需要构建一些特殊的构型, 如溶剂球, 板块体系(slab)等. 虽然GROMACS提供的gmx select模块可用以获得特定的构型, VMD中也可以使用选择语法或是TCL脚本完成同样的任务, 但使用起来都不是很方便. 前者经常需要先准备tpr文件, 而后者当构型较多时处理较慢. 因此, 我写 ...; 5369 次阅读|2 个评论热度 1

GROMACS质心牵引的几点说明: 李继存 2015-10-12 18:25; 2015-10-12 00:01:47 GROMACS的质心牵引功能也称为牵引代码(或拉伸代码, Pull Code), 可用于伞形采样 , 并计算平均力势PMF, 在分子动力学模拟特别是涉及生物分子的模拟中经常用到. GROMACS手册中涉及到这个功能的说明主要有两处: 6.4 牵引代码 7.3.21 质心牵引在使用本功能前, 请先仔细阅读并试着理解手册中 ...; 12161 次阅读|没有评论

GROMACS程序文档: 李继存 2015-8-26 22:16; GROMACS程序选项概述除非指定了选项, 否则不会使用可选文件. 非可选文件与此不同, 当不指定选项时, 会使用默认的文件名. 所有GROMACS程序接受的文件选项都可以忽略扩展名或文件名. 在这种情况下, 将会使用默认的文件名. 可使用多种输入文件类型, 如通用结构格式时, 将会搜索目录下具有指定名称或默认名称的每 ...; 28010 次阅读|没有评论

Xmgrace学习笔记: 热度 1 李继存 2015-8-11 23:40; Xmgrace学习笔记整理: 李卫星对于用惯Linux的人, 在Linux下画图有点不方便, gnuplot虽然挺不错, 但是不能直接在图上进行操作, 这是它的不足吧. 为此, 简单介绍一下xmgrace. 安装 xmgrace可以直接用命令来安装： sudo apt-get install xmgrace 也可以下载软件包自己编译. 官网 http://plasma-gate.weizma ...; 38477 次阅读|3 个评论热度 1

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