markdown是纯文本格式, 轻量级, 方便管理查找, 适合用于书写文档, 整理资料, 工作展示. 对我熟悉的计算化学领域, 我觉得可以进行一些扩展, 方便其使用.

• 数学公式
  MathJax可能是大多数人的选择

• 代码高亮加色
  有很多的js工具可实现

• 幻灯片展示
  最简单的解决方式就是插入一段js代码, 利用其它js工具的方法就很多了
  

  • 使用markdown写ppt

  • Markdown+Pandoc→HTML幻灯片速成

  • 巧用keydown和markdown编写基于文本的幻灯片

  • DZSlides：从 Markdown 到 PDF

  • 几个秒杀PPT的高（zhe）大(teng)上(ren)的幻灯工具

  • Markdown+HTML5制作Geek风格的投影片

  • 一段JS代码让Markdown自动生成侧边栏目录
    我试用的感觉是DZSlides比较简单, 最适合单文件的幻灯演示, 所以就基于DZSlides实现了.

• 代码运行结果插入
  类似于一些人宣称的文学编程, 或说可重复性研究. 基于R的knitr是类似的例子. 其实, 这种文档代码一起的方式很多程序都支持, matlab中的publish, mathmatica的document都是类似的东西. 简单地说就是, 在markdown中插入一段代码, 转换的时候可以调用系统命令执行这段代码, 并将执行结果插到代码后面. 对于示例性代码的演示或者数据作图, 这个功能很方便.
  我已经实现一些类似的功能了, 主要是针对gunplot. 因为很多时候, 我们需要对计算结果进行作图, GUI的作图方式只适合少量数据, 也不容易程序化, gnuplot的命令行方式和markdown结合更好.

• 流程图
  计算机的上古时代就使用ASCII字符画流程图, 但现在我还没发现能将这种文本格式的流程图转化为HTML格式的工具. 相反功能的工具倒是有一个
  

  • ASCIIFLOW流程图, – 可嵌入markdown中, 并利用js脚本渲染, 项目github

• 分子构型
  这是化学特有的, 其他领域的这种需要很少. 理论上, 所有的3D js库都可以完成, 但我们需要特别针对化学领域的. 如果追求速度, 质量和功能, 可以使用基于Java的Jmol. 如果只是展示, 可选择ChemDoodle或GLmol. 可参考下面的文章.
  

  • Exploring ChemDoodle Web Components

  • Displaying structures using JSmol and GLMol
    试用后我觉得ChemDoodle综合功能最强大, 使用也比较方便, 易于与markdown结合, 对于嵌入HTML的简单展示最合适.

◆图片/表格/公式/代码完整版请参看：markdown在计算化学领域的扩展应用◆

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