Support Vector Machine

沈文龙 2017-2-13 09:34

给我几个支持向量，我可以支撑起整个超平面… 二分类 是与否，有跟无，调控非调控，变异非变异，乃至得病与否的判断，二分类是最直观的生物学问题。我们往往希望在基因检测之后，判断患者的病症、肿瘤类型，就好像在茫茫数据点中，用洪荒之力分出一个平面，这边是癌症，那边是健康。 Support Vector Machine是非常经 ...

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DNA Sequence Motifs

沈文龙 2017-1-17 17:21

漫天繁星，你却只寻找那偏爱的motif… 一致性序列 如果基因组DNA是生命的设计图，那转录因子（再加上核酸酶等）就像小黄人一样，将各个重要部件解构出来。然而转录因子数量众多、功能不同，他们如何知道自己应该结合于基因组的位置，这就得依靠DNA序列motif来标识。下图即是CTCF的结合位点motif序列： 其中各个碱 ...

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Gene Expression Clustering

沈文龙 2017-1-11 20:07

各位基因，请和谐表达，勿聚众闹事… 物以类聚 芯片、测序仪等高通量工具把人类对于基因的研究带入了组学时代，大量数据喷涌而来，如何解读成了重中之重。所谓物以类聚，从茫茫表达谱中抽提类似的基因，进而研究其协调/差异表达的原因和机制，考察富集的功能和通路等，不失为组学研究的好方法。 何为相似 如何评价 ...

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RNA Folding Algorithms

沈文龙 2017-1-11 20:06

DNA靠序列传递信息，Protein靠结构发挥功能，RNA却序列、结构两手抓… 互补回文 对于RNA二级结构最基本的假设就是碱基的互补配对（在一级序列上的表现就是互补碱基的回文串儿），传统的算法实际就是在各种潜在的茎环结构中搜索最符合生物学真实特征的情况（如最低自由能）。另外一种算法思想基于生物同源分子保守性的 ...

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Hidden Markov Model

沈文龙 2017-1-11 20:06

我女朋友是双子座的，有好多好多人格（隐藏状态），不同人格下都有各种各样的表现（观测状态），如果她今天的状态只跟昨天相关（一阶、齐次），那么这就是个HMM… 简介 日常生活中有很多事情都可以看作是一件件离散地、有序地、前后联系地发生着，像是每天的天气，女朋友的心情、赌桌上压大小，甚至如语音识别、中文分 ...

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Bayesian Statistics

沈文龙 2017-1-11 20:05

概率论本身源于人类对于赌博孜孜不倦的追求 -_-! 这个世界是不确定的，生命无处不是概率，也是赌博，我们看到的太少，未知的太多… 贝叶斯公式 人类对于事物的认知总是由浅入深由简入繁，当我们能够清楚观察出一个模型，或者用大量实验模拟出这个模型时，它所有的可能结果都被我们预知，于是传统概率论给出了显而易见 ...

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Dynamic Programming

沈文龙 2017-1-11 20:03

好吧，其实这么炸裂的名字既不动态，也无关编程技巧，只是Richard Bellman为了吓唬人而取的，hoho… 算法思想 动态规划算法是运筹学的一个分支，最早用于解决最优化决策问题，其在序列比对中有比较广泛的应用，如著名的BLAST、CLUSTALW、MFOLD、PHYLIP等都利用了其核心思想，主要包括三个部分： 递归 ：将一个 ...

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博士论文致谢

热度 3 沈文龙 2015-7-2 08:15

In the end, it’s not the years in your life that count. It’s the life in your years. — Abraham Lincoln 白驹过隙，五年的博士生活回首如梦。从最初刚刚本科毕业，对科研只有兴趣没有方向的楞头青，到如今跨领域跨学科，能够三个月完成一篇 SCI ，笃信科研的博士生。这一路虽算不上风 ...

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Simplicity

热度 1 沈文龙 2012-4-2 11:21

Everything should be made as simple as possible, but not simpler. (Einstein) You know you've achieved perfection in design, not when you have nothing more to add, but when you have nothing more to take away. (de Saint-Exupery) 生命本身就是一种设计，本质的 ...

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