留言板
- [13]田莉
- beagle设置path点击编辑是第一个选项C:Program FilesCommon Fileslibhmsbeagle加上C:Program Files (x86)Javajre1.8.0_241bin吗
- [12]田莉
- beagle设置了环境变量之后，直接运行BEAST就可以吗
- [11]翟禄新
- 彭老师好，请问偏相关系数有可能为负数吗？如果是负数，哪如何进行显著性检验呢？谢谢！
- [10]张晓战
- 彭老师，您好，我这边需要对几百至上千个序列（病毒的结构蛋白）进行比对，通过用megalign可以看到核酸的相似性挺高的，然后用mega建树（用蛋白比对的数据建树），当用NJ法换算时，结果很不好，其中在一个地区分离的毒株，序列很相似的，能在进化树中看到在一个分群，但是节点的值很低，有的甚至为0，不知道这种情况是怎么形成的？第二个问题，就是看到您之前推荐过用fasttree这个软件，我通过他们的介绍还是不能掌握这个软件的操作，希望得到您的指导。
- [9]赵建保
- 谢谢彭老师，我试一下
- [8]赵建保
- 请教R问题：我有一个300行的表格，data[,4]列格式为分秒（如8分钟15秒),我想把该列统一转换为秒，以数值方式保存，不带单位，如495，该如何写R程序？
单个字符串已经实现了，程序如下：data<-"9分钟54秒"
data<-strsplit(data,split="分钟")
data<-unlist(data)
data.sec<-strsplit(data[2],split="秒")
data<-as.numeric(data[1])*60+as.numeric(data.sec)
data
请教如何处理300多行？
minsec<-as.character(call[,4])
i<-1
for(i in 1:length(minsec)){
min.sec<-unlist(strsplit(minsec,split="分钟"))
min<-as.numeric(min.sec[1])
sec<-strsplit(min.sec[2],split="秒")
sec<-as.numeric(min)*60+as.numeric(sec)
}
以上代码要怎么修改，谢谢！ -
我的回复(2014-5-13 13:12)：写个for 循环不就可以？
x <- rep(0,300)
for(i in 1:300){
你提到的代码，最后把每行得到的值放到X里面
}
- [6]unicron
- Multiple ridge forward regression是做什么用的？
- [5]hailang0
- 支持抗日的请去签名：科学网有良心的国人签名处http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=436916&do=blog&id=613003
- [4]merada
- 你好！ 我最近刚刚接触beast 。在参数的设置方面遇到难题 以及gooleearth上就是更改那个xml文件老出错。请问你有什么文章可以推荐吗 ？beast附带的文献 没怎么细说 我照着网页上的更改xml时运行常出错。
希望您 不吝赐教 谢谢
- [3]陈邦华
- 关注！
- [2]陈晓平
- 谢谢您的指点~~在这条道上我还有很长的路要走，今后肯定还要向您请教的，劳烦您了。
- [1]陈晓平
- 您好，您的博客里有关生物信息学的内容对我很有帮助，您从事方面研究挺长时间了吧。我只个才刚入门的小硕，身边没人做这个，想向您请教一下这方面的问题。我现在正在做进化树分析，但是选择压力分析和核苷酸替代率这两个问题我不知道用什么软件可以解决。您能给我推荐和说明一下吗？感激不尽！！！
- 我的回复(2011-11-1 22:52)：如果是刚入门的，我建议用Mega，它非常好用，而且功能越来越全面了。datamonkey也可以用来计算选择压力。进一步的话，可以考虑用paml软件包计算选择压力。此外，beast现在也是一个比较通用的软件包。我建议如果没有什么压力的话，把各个软件都熟悉熟悉，它们都有各自的优缺点。此外，对于进化树的理论方面需要加强，建议阅读杨子恒老师的 计算分子进化。
