计算生物学和生物信息学中有意义的5类工作

热度 2 彭友松 2011-10-17 13:30

我个人觉得做计算的只有做下面的这些工作才会有意义。否则，文章发了一大堆，其实都是一些垃圾。 1 辅助实验生物学，为之减少实验量，提供一些建议和参考。比如通过计算分析发现一些重要的位点，供实验生物学家进行验证。 2 为计算同行和实验生物学家提供资源或者工具，比如建立一个数据库， ...

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非常快速而且能够处理成千上万条序列的建进化树软件FastTree

热度 7 彭友松 2011-9-16 22:01

之前推荐过但是当时自己没有用过，现在尝试了一下，发现确定非常快。拿我的问题来说，总共3000多条序列，序列长度为1700nt，我用Phylip中最快的的Neighbor-joining计算花了一个小时以上，而且是在我的主机，而用我装的虚拟机（内存500M，计算能力肯定不能主机）FastTree计算，只花了不到20分钟，而且更强悍的是它还给出了 ...

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去除冗余序列的超快超好用工具cd-hit

热度 6 彭友松 2011-7-21 16:03

这个软件（也有在线服务器，见其官网 http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ ）是中国人（ Weizhong Li ）写的，很好用，最大的特点就是快。基本思路是首先对所有序列按照其长度进行排序，然后从最长的序列开始，形成第一个序列类，然后依次对序列进行处理，如果新的序列与已有的序列类的代表序列的相似性在cutoff以 ...

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非常快速的建树软件FastTree

热度 2 彭友松 2011-6-21 11:30

FastTree http://www.microbesonline.org/fasttree/ Also see Fast Tree-Comparison Tools FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences. FastTree can handle alignments with up to a million ...

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分子生物学中常用数据库

彭友松 2011-6-9 10:40

转自生物统计家园 http://www.biostatistic.net/thread-2498-1-1.html 下面的数据库很有用，所以先保存下来了。非常感谢生物统计家园的总结！ 综合数据库： 最权威的生物信息学网址链接： http://www.bioinformatics.vg 生物信息学网址链接： http://www.bioinformatics.ca/links_directory/ Nuclei ...

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人类基因组数目增长好快！

彭友松 2010-10-28 21:34

今天看到Naturenews给出的报道说现在已经测定的人类基因组序列竟然有几千个了，而且这个数目正在飞速增加，明年可能就有几万个了，真不可思议！看来以后我们每个人都能够测全基因组了，个性化医疗时代可能很快会改变普通人的生活，很期待。。。。 Naturenews原文第一段如下： （全文见http://www.nature. ...

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Muscle,ClustalW和T-coffee的简单比较

彭友松 2010-4-20 23:40

ClustalW是现在用的最广和最经典的多序列比对软件, Muscle是速度最快的多序列比对之一,T-coffee是越来越受到欢迎的软件.它们各自有什么优点和缺点呢? ClustalW不仅可以用来做多序列比对,也能做Profile-profile比对,以及基于Neighbor-joining方法构建进化树.但是最常用的是多序列比对.从速度上来说,它有两种运行模式:accurat ...

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博士生怎样选择课题？

热度 1 彭友松 2009-8-14 22:07

博士生一般都经过了硕士阶段的训练，应该具有一定的科研能力。对于自己的三年博士生涯，我们应该怎样选题呢？ 如果想做一些真正的科学，那么应该以负责任的态度来对待这个问题。我们为什么读博士？想对人类的知识有所贡献吗？真正这样想的人是不会去做一些重复的低水平的工作的。 我觉得博士生首先应该有信心做好自己领域内 ...

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scale-free network

热度 1 彭友松 2009-7-25 23:04

前不久实验室的师兄经常提到一个叫做scale-freenetwork的概念，感觉挺有意思，问了还不太懂，看来只好自己查了。google一下，发现了比较通俗的理解，如下： (http://lihailian.bokee.com/6013647.html) 1. 什么是无尺度现象？ 统计物理学家习惯于把 服从幂次分布的现象 称为无尺度现象。 ...

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