在Ubuntu中安装Bioperl

彭友松 2013-11-6 18:11

1 下载Bioperl包 http://search.cpan.org/~cjfields/BioPerl-1.6.1/BioPerl.pm 2 解压缩，进入该文件夹 3 先获取root用户权限: sudo -i 然后 在命令行运行： perl Build.PL ./Build test ./Build install 安装成功！

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perl中的pos()函数处理重复匹配的问题

彭友松 2013-6-14 16:02

该函数可以返回匹配的位置，并且改变匹配的位置，这样就可以用来寻找重复字符串的多次匹配，比如寻找字符串中糖基化位点的程序： 序列：$string=NNST 如果只用/N /ｇ匹配的话，只会对第一个NNS进行匹配，然而这种情况我们想要的是NST进行匹配。perl中默认的匹配完之后会从匹配结束位置重新开始匹配，没法达到我们 ...

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HMM模型的初步学习

彭友松 2013-1-1 11:09

这几天学习了HMM模型，得到了下面的一些粗浅认识，以及对于一个简单的HMM模型的实现（Perl语言实现的）。code写得很冗余，要是把计算过程写成函数会更好。 本文只是自己的一个简单的总结，需要了解的更详细可以参考Lawrence.R. Rabiner的经典论文"A tutorial on Hidden Markov Models and selected applications in Speec ...

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perl中十进制和16进制的转换

彭友松 2012-3-23 14:31

十进制转换成十六进制用sprintf(): 十六进制转换成十进制用hex():

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