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生活点滴| Linux| 统计学与R语言学习| 生物信息学与计算生物学| 流行病学建模| 论文写作| matlab|

R语言中的颜色问题: 彭友松 2011-7-15 16:02; 1 R中有多少种颜色？怎么看？命令：colors()显示出下面的657种颜色 "white" "aliceblue" "antiquewhite" "antiquewhite1" "an ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|25786 次阅读|没有评论

非常快速的建树软件FastTree: 热度 2 彭友松 2011-6-21 11:30; FastTree http://www.microbesonline.org/fasttree/ Also see Fast Tree-Comparison Tools FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences. FastTree can handle alignments with up to a million ...; 个人分类: 生物信息学与计算生物学|20052 次阅读|4 个评论热度 2

Perl语言中的splice()函数的用法及其用于对数组的随机扰动: 彭友松 2011-6-17 10:11; splice函数有四种用法： 1 在数组中用其他元素代替数组部分元素，用法为splice(@list,offset,length,@new),即把@new中的元素替换数组@list中从offset位置开始且长度为length的元素。 2 从数组中删除元素，用法为splice(@list,offset,length)，即把数组@list中从offset开始长度为length的元素去掉。 3 清空数组，用法为spl ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|17559 次阅读|没有评论

分子生物学中常用数据库: 彭友松 2011-6-9 10:40; 转自生物统计家园 http://www.biostatistic.net/thread-2498-1-1.html 下面的数据库很有用，所以先保存下来了。非常感谢生物统计家园的总结！综合数据库：最权威的生物信息学网址链接： http://www.bioinformatics.vg 生物信息学网址链接： http://www.bioinformatics.ca/links_directory/ Nuclei ...; 个人分类: 生物信息学与计算生物学|12158 次阅读|没有评论

R中的遗传算法: 彭友松 2011-6-8 15:27; 在R中我发现了四个软件包使用遗传算法进行参数选择和目标函数优化，如下所示： 1GALGO 2genalg rbga(stringMin=c(), stringMax=c(), suggestions=NULL, popSize=200, iters=100, mutationChance=NA, elitism=NA, monitorFunc=NULL, evalFunc=NULL, showSettings=FALSE, verbose=FALSE) 3 mcga ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|10793 次阅读|没有评论

《Linear models with R 》学习笔记之一: 彭友松 2011-6-2 21:44; 一本好的参考书不应该只告诉读者技术性或者知识性的东西，还应该把作者的思想和经验与读者交流。刚看了这本书第一章的前面几页就觉得这本书不错，因为作者告诉我们怎样成为一位合格的统计学家，而不是仅仅会用统计学作为工具。第一章的第一句话是这么说的： Statistics starts with a problem, pr ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|5902 次阅读|没有评论

R中的排列组合，阶乘的计算: 彭友松 2011-6-2 10:04; 参考了网上的一些资料，得到了下面的一些函数可以做这些事。组合数的计算：从N中选择K个用函数 choose(N,K) 阶乘的计算有三种方法： 1）factorial(N),最快的方法 2) prod(1:N)，最慢的方法 3) gamma(N+1)，也是非常快的算法可以看下面的一个测试： system.time(replicate(10000000,gamma(101))) ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|33238 次阅读|没有评论

对于bootstrap的一些粗浅认识-2: 彭友松 2011-5-31 20:25; bootstrap percentile confidenceinterval和bootstrap t confidence interval的比较先说bootstrap percentile confidence interval的概念，它是指某统计量的bootstrap分布的2.5%和97.5%的间距。两种可信度区间的应用条件不一样，当bootstrap distribution近似符合正态分布，而且bias很小的时候，一般用t可信度区间 ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|12490 次阅读|没有评论

对于bootstrap的一些粗浅认识: 彭友松 2011-5-30 22:11; 什么是bootstrap？ bootstrap就是从一个原始样本中进行有放回的重复采样，采样大小和原始样本大小相同，采样次数根据计算量而定。从每个重新样的样本中可以计算某个统计量的bootstrap 分布，比如说均值，多个重采样样本的均值构成了原始样本均值的bootstrap分布。在采样完后需要检查待研究统计量的bootstrap分布是不是符合 ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|23528 次阅读|没有评论

R语言中的机器学习-分类树和回归树: 热度 1 彭友松 2011-5-18 16:31; 在R中包tree专门用于分类树和回归树的构建，其中的函数tree()和线性回归的函数lm()类似，只需要指定函数形式和数据。如： data - read.table("test") model - tree(V1~.-1,data) 这里需要注意的是，如果公式中的Y是数值变量，那么tree()默认为回归树，否则是分类树。包中的函数prune.tree()用于修建树，predic ...; 个人分类: 统计学与R语言学习|19010 次阅读|1 个评论热度 1

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