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Beast中beagle库的使用

已有 9617 次阅读 2015-1-28 15:09 |个人分类:生物信息学与计算生物学|系统分类:科研笔记

怎样安装beast和beagle就不多说了,在beast的官网上有详细的说明,现在关心的是如何使beast能够使用beagle。

在windows下,首先找到beagle安装目录,比如在C:/Program Files/Common Files/libhmsbeagle/。然后设置环境变量如下:

右键点我的电脑。打开属性。然后选择“高级”里面的“环境变量”,在新的打开界面中的系统变量需要设置三个属性“JAVA_HOME”、“path”、“classpath”.

一:点“新建”,然后在变量名写上JAVA_HOME,就是java的安装路径,然后在变量值写入java安装的路径(比如“C:jdk1.6”)。
二:其次在系统变量里面找到path,然后点编辑,path变量的含义就是系统在任何路径下都可以识别java命令,则变量值为“.;%JAVA_HOME%bin”,(其中“%JAVA_HOME%”的意思为刚才设置JAVA_HOME的值),也可以直接写上“C:jdk1.6bin”
三: 最后再点“新建”,然后在变量名上写classpath,该变量的含义是为java加载类(class or lib)路径,只有类在classpath中,java命令才能识别。其值为“.;%JAVA_HOME%libdt.jar;%JAVA_HOME%libtoos.jar (要加.表示当前路径)”,与相同“%JAVA_HOME%有相同意思” 。在后面加上beagle安装目录C:/Program Files/Common Files/libhmsbeagle/就OK了


在Ubuntu里面同样如此。假设beagle安转在/home/work/tools/beagle-lib/目录,那么在运行beast的时候需要告诉java这个beast在哪里,通过下面两种方式:

1 运行beast之前,运行以下命令:

export LD_LIBRARY_PATH=/home/work/tools/beagle-lib/lib;$LD_LIBRARY_PATH


2直接运行:

java -Djava.library.path=/home/work/tools/beagle-lib/lib -jar beast.jar




https://wap.sciencenet.cn/blog-54276-863511.html

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