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作者：Byron Russell, John Sack, Alison McGonagle-O’Connell, Tony Alves          译者：廉子晴       校译：贺琳

来源：https://scholarlykitchen.sspnet.org/2021/09/13/guest-post-publishers-integrate-preprints-into-their-workflows/

在过去的五年里，预印本服务器的数量大幅增加，出现了30多个新的服务器，总数现已达到60以上。这些服务器多种多样，并专注于某个学科，或特定的地理区域，或特定的语种，同时具有不同程度的渗透性和技术复杂性。现有的出版服务和工作流程正在被重新规划，以适应预印本的需要。本文探讨了以出版商为中心的方法是如何通过预印本预评估简化工作流程并加快同行评审过程的，以及出版商和第三方为建立对预印本的信任和信心而正在实施的检查和平衡措施。

在COVID-19大流行期间，预印本的储存速度变得更快。在medRxiv发布的前6个月，即2019年6月至12月，共发布了900份预印本，而在第二个半年期，即2020年1月至6月，预印本总数达到了6700份，增长了750%。

科学界在第一例COVID-19病例报道后的4个月内发表了16000多篇与COVID-19有关的文章，其中约38%的文章（超过6000篇）被发布在预印本服务器上。这些论文和研究结果可以免费、便捷地获取，使用和引用也有一定指导，同时促进了进一步研究，因此迅速被科学界吸收。例如，德国图宾根大学附属医院（Tübingen University Hospital）的一个研究小组参与了疫苗研发的重点工作，他们的一篇论文首先被存入medRxiv，而后被20次引用、5500次下载、168083次网页浏览，并获得了超过3700的Altmetric得分，这些所有都发生于在Nature Immunology上发表之前。该预印本甚至被全球23家报纸报道，包括El Pais、The Telegraph、De Volkskrant和Scientific American，这显示了预印本在学术界和公共媒体中的影响潜力。

正如在2021年冷泉港实验室（Cold Spring Harbor Laboratory）的John Inglis在HighWire组织的SSP（Society for Scholarly Publishing，学术出版学会）大会“预印本和期刊的编辑工作”分会场上所评论的那样，bioRxiv预印本服务器的目标是“加速研究，在手稿进入通常是冗长的同行评审过程之前提供无限制的访问”。Covid-19的案例已经证明这种潜力是可以实现的。

不过，一些出版商、编辑和作者认为，围绕预印本还有一些开放性问题。如速度提升是否意味着质量不高？以及出版商将如何把预印本整合进传统出版流程？毕竟，在预印本服务器上发表文章往往是作者自己的独立行为——他们在投稿、同行评审和最终出版的过程之前选择一个合适的服务器。

然而，对越来越多的出版商来说，预印本不再被视为传统出版流程的外围或竞争者。相反，相关预印本的存储和评估已经成为出版工作流程的一个组成部分。速度对传播的重要性日益增加，再加上出版商希望鼓励提交的文章加深深度和广度，这意味着许多出版商正在探索平行工作流程而不是顺序工作流程。正如SSP分会上的讨论所表明的那样，预印本的存储正在从一个单独的倡议转变为整个出版流程的一个完全整合的部分，因此，现有的结构正在被调整以支持这种整合。在学术出版生态系统中，新的职业路径和工作角色正在出现，而且可以看到正在开发的新服务正创造性地处理预印本和内容选择方面的问题。预印稿件的预评估以及其他战略正在被部署，以促进对预印本服务器以及预印本本身的信任。

预评估预印本

为了建立对预印本投稿的信任并在出版过程中培养作者，出版商和第三方服务提供商正在使用预印本的预评估。这虽然不能取代正式的同行评审，但这种独立的、非正式的评论和评估在评估提交的稿件的过程中对作者和编辑都有帮助。

举个例子，生物学家公司（the Company of Bilogists，CoB）提供了一项名为“preLighters”的服务。参与该计划的职业早期研究员（“preLighters”）可以在bioRxiv服务器上自主选择并关注他们有兴趣的生物学预印本，该服务器是生物学领域的首要预印本服务器（仅在2020年，bioRxiv就接受了超过38000份手稿），接着他们就可以用博客、问题和评论对这些文章进行注释。这些注释（“preLight posts”）吸引了人们对那些被认为具有特殊性或重要性的新论文的关注。这些研究员可以直接与论文的作者互动，以邀请他们对提出的评论和问题进行回复。虽然不是正式的同行评审，但这个过程使相关作者的工作更加透明和可信。该计划使职业早期研究员踏上了作为审稿人的出版阶梯的第一级，并使bioRxiv本身得到了进一步的关注。迄今为止，在过去的3年里已经有超过1000个这样的互动帖子。

对于需要对其研究论文进行更正式的早期评审的作者，像EMBO的Review Commons等工具可以提供参考预印本（Refereed Preprint）服务。Review Commons于2019年推出，其理念是在论文提交给预印本服务器（目前是bioRxiv）或期刊之前，对论文进行高质量的、独立于期刊的同行评审。参考预印本的目的不是要取代正式的出版商主导的同行评审，但可以作为作者在最终提交前的指导。该服务包括对作者稿件的审读、单轮独立同行评审的反馈和作者的回复。这种模式能够使作者就后续投稿中选择最合适的期刊做出更明智的决定，并能简化投稿流程。

评审结束后，Review Commons承担将参考预印本存入bioRxiv的管理任务，并向EMBO（European Molecular Biology Organization，欧洲分子生物学组织）、eLife、ASCB（The American Society for Cell Biology，美国细胞生物学学会）、生物学家公司、洛克菲勒大学出版社（Rockefeller University Press）和PLOS等17家领域内期刊投稿。这些期刊的编辑已经同意考虑和评估传送来的评议。这可能意味着不一定要重新开始完整的评审过程，并有可能为编辑们节省时间，从而加快出版和更广泛传播的速度。即使编辑决定拒稿，作者也可以重新使用最初的同行评审评价，提交给另一个期刊。此外，独立评审和作者的回复都可以通过服务器新的预印本透明评审（Transparent Review in Preprints，TRiP）项目发布到bioRxiv上，将论文本身置入研究背景中，并在最终出版前使同行评审更加透明。

重新构想投稿流程

为了将预印本完全整合入投稿程序，出版商必须对程序本身进行审视和整改。这涉及到对预印本作为出版流程的一环的重要性的重新评估，而信任是一个重要的组成部分，正如上节所强调的。它还需要重新调整内部系统，包括人员配置和行政角色。

作为角色重新调整的一个例子，2017年，英国皇家学会（Royal Society）为其旗舰期刊Proceedings B任命了第一位预印本编辑Maurine Neiman博士。Neiman主要负责在从已经存入预印本服务器的论文中征集对该期刊的投稿——从现有的通过外部来源获得的论文中预选潜在的稿件，而不是直接征用自来稿。她成立了一个由20名博士和博士后研究人员组成的团队，负责选择稿件和与作者沟通的流程，将bioRxiv预印本服务器整合到稿件提交工作流程中，与传统的经由同行评审后接受的投稿过程并行。这种方法可以被认为是生物学家公司的“PreLights”服务的正式版本，职业早期研究员对出版流程做出了重要贡献。

该项目的目标不仅仅是通过从预印本服务器中挑选现有的论文来增加投稿数量，而且还鼓励研究人员在投稿时考虑Proceedings B，因为他们以前可能没有考虑过这个问题。从这个角度来看，预印本编辑项目明显取得了成功，并且正在扩张；2020年初，英国皇家学会的Open Biology期刊任命哈德斯菲尔德大学的Michael Ginger教授为其首位预印本编辑。

预印本服务器：不再是一个缺失的环节

还有两个案例研究有助于证明预印本现在已被整合入整个出版流程中。第一个案例展现了PLOS（the Public Library of Science，美国科学公共图书馆）是如何利用平行投稿和预评估来加快出版速度并增强学界对预印本的信任。第二个案例描述了生物学家公司如何在其投稿系统中引入了双向整合，并将投稿和预印本无缝连接起来。

当Nonia Pariente被任命为PLOS在生命科学领域的旗舰开放获取期刊PLOS Biology的主编时，她在接受采访时表示，摆脱陈规去思考对该期刊来说“几乎是一种义务”。最近的创新是在预印本服务器仓储和期刊投稿之间引入直接联系。从2018年5月起，PLOS与bioRxiv的所有者冷泉港实验室建立了合作伙伴关系，向PLOS Biology和几乎所有其他的PLOS期刊提交稿件的作者也可以选择同时在bioRxiv上发布他们的文章。

对于PLOS的作者来说，这提供了一个宝贵的机会，让他们的最新发现在同行评审——可能是一个令人沮丧的漫长过程——之前就可以在一个值得信赖的平台上发表。对bioRxiv自身来说，与PLOS的合作使稿件仓储得以增长。

需要指出的一点是，在bioRxiv上存储并同时提交给PLOS并不是一个自动的过程，这里面的一个关键点在于对提交的每篇论文进行预验证。为了确保标准得以维持，bioRxiv与PLOS达成协议，对论文进行了初步筛选，包括使用Crossref的iThenticate进行剽窃检查，并对文章的范围、伦理和技术路线进行斟酌。大约70%的投稿被通过并进入bioRxiv服务器，但这并不保证稿件可以被PLOS出版物直接接受。

另一个好处是，这种早期的检查和平衡过程有助于促进对bioRxiv托管的预印本本身的整体信任，越来越多的预印本被发表就是这种信任的证据。

柱状图展示了发表bioRxiv预印本最多的30种期刊，每一条柱表示每种期刊发表的预印本的数量，并按预印本最初在bioRxiv上的类别进行细分

生物学家公司也与bioRxiv建立了直接存稿的工作流程联系。早在2016年，他们就引入了稿件提交系统的双向整合。他们使用的系统是BenchPress，这是一个由HighWire开发的稿件管理工具。在bioRxiv存储稿件的作者可以通过一个简单的传输门户将他们的论文直接提交给生物学家公司的任何期刊（Development, Journal of Cell Science, Journal of Experimental Biology, Disease Models & Mechanisms和Biology Open），这样避免了手动重新输入信息或通过多个提交系统上传文件。

向任何生物学家公司的期刊投稿的作者也可以立即将他们的文章存入bioRxiv。BenchPress投稿系统采用了一个简单、集成的一键式链接，使论文可以直接存入bioRxiv。论文可以通过bioRxiv的DOI直接引用，并且可以跟踪其使用和下载指标，甚至在期刊评审期间也可如此。

从推出“直接存储”（direct-deposit）倡议开始，作者们的反馈很积极。该系统鼓励作者向生物学家公司的期刊投稿，因为他们知道他们的作品在同行评审和出版决断之前就可以立即在bioRxiv上发表，并且可以引用，无论论文是否正式出版，需要他们所做的管理被最简化。这种双向的联系是互利的，使论文从预印本到最终出版之路变得顺畅。

结论

显然，主要的出版商（特别是在生物科学领域）正在努力拓宽他们的编辑和投稿工作流程，以便将预印本纳入平行处理操作中。由出版商和第三方服务供应商管理的同行评审的变化，似乎加快了整个出版流程，并为预印本自身建立了更多的信任。在上述相关的案例研究中，很明显，改变既定的“传统的”工作流程以整合预印本，需要细致的规划和创造性的创新思维——包括重新评估和重新分配工作人员的角色。 

投稿系统必须能够直接链接至适当的预印本服务器，使稿件和相关的元数据都能得到保存。即使论文已经存储在预印本服务器上，也需要就预印本和最终可能载入期刊的版本进行定期沟通，并在期刊投稿版本和预印本之间建立联系，以便之后对元数据和内容进行修订。

在“速度的需求”与广泛的同行评审所要求的耗时的彻底性之间存在着明显的对立——尤其体现在急于找到针对COVID-19的最有效的治疗和预防措施的过程中。尽管如此，这些案例研究表明这些要求并不是不可调和地对立的。出版商和独立的同行评审平台已经证明，他们可以修改传统的投稿工作流程，加快学术交流的节奏，同时满足学术出版对全面同行评审的基本要求。

诸如上述的创新使出版商占据主导地位，使预印本流向预印本服务器并对这个过程产生影响，这应导向预印本的质量控制的加强和信心。未来，随着出版商调整内部流程以涵盖所有出版业务——从预印本的提交到最终的期刊出版以及在此基础上的其他事务，他们将更多地参与到学术交流链条中。