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R语言获得文本中数字所在的位置
熊荣川 2014-3-5 10:59
R 语言 获得文本中数字所在的位置 # 作者信息 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz # 预装函数 # 获得文本中数字所在的位置 # 使用方法 A = the filename S20131209csv #A 为字符 ...
个人分类: 我的研究|4389 次阅读|没有评论
R语言获得文本中连续数字的范围
熊荣川 2014-3-4 13:25
R 语言获得文本中连续数字的范围 # 作者信息 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz # 预装函数 # 获得文本中连续数字的范围 range.num(x) ,依赖函数 position.num(x) 函数源代码地址 # 使用方法 ...
个人分类: 我的研究|5314 次阅读|没有评论
R语言合并某个文件夹中所有文本文件
热度 2 熊荣川 2014-3-2 10:08
熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 我们常常需要把许多文本文件合并到一个文件中,如fasta格式的序列文件,如果是手工打开、复制、粘贴的话会比较繁琐,在这里我们提供一个R语言函数用于方便快捷的将某个文件夹中的所有文本进行合并 &nbs ...
个人分类: 我的研究|12694 次阅读|3 个评论 热度 2
R语言本地blast结果文件整理成表格
熊荣川 2014-3-1 11:05
熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 本地blast因为不需要联网,且运算数据较快而受到欢迎,但是,操作上有诸多不便,其中之一就是结果为文本结果,手动转化成表格形式较为繁琐,也不利于大数据情况下的操作,因此我们撰写了R语言函数LBl ...
个人分类: 我的研究|6168 次阅读|没有评论
GenGIS:地理信息与进化树的结合
熊荣川 2014-1-9 10:39
GenGIS: 地理信息与进化树的结合 作者:一枝梅 中国科学院成都成都生物研究所 kinglyyang@yeah.net 编辑:熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 导言:目测从事分子进化领域的新手,对 GIS ...
个人分类: 我的研究|7223 次阅读|没有评论
征稿启事
热度 1 熊荣川 2014-1-9 10:09
征稿启事 作为中国土生土长的科学研究工作者,我们常常面临这样一个困境,我们说中国话,写汉字,但是我们却以发表英文文章为奋斗目标。中国的科学家要是取得成功,肯定是两个方面的成功——超强的语言思维转换能力,和科研能力。 国人做了很好的工作,需要翻译成英文,投到国外,然后同胞同行获得 ...
个人分类: 我的研究|2893 次阅读|2 个评论 热度 1
如何让无参考转录组数据更有效
热度 1 熊荣川 2014-1-8 09:09
熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 无参考基因组的转录组数据通常使用从头组装的方式,因为二代测序技术很多都是断读段测序,不可避免地要产生一些“人工”基因,那么在这种情况下有什么方法或者原则可以优化结果,排除假阳性呢? 下 ...
个人分类: 我的研究|2730 次阅读|1 个评论 热度 1
R语言终止密码子统计
熊荣川 2014-1-7 16:14
熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz #R语言终止密码子统计 setwd(**) infile = protein1.fasta outname = sub(.fas,,infile) proseq = readLines(infile) proseq = proseq proseq = strsplit(proseq, ...
个人分类: 我的研究|4070 次阅读|没有评论
R语言boxplot箱体图命令生成表
熊荣川 2014-1-6 15:27
熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz R语言中通常绘制的箱体图的命令如下 boxplot( SVL ~ clade , data = mat.m , col = colist , main = SVL , notch= TRUE , xaxt= 'n' ) 其中SVL为数据表格 ...
个人分类: 我的研究|8565 次阅读|没有评论
Sequencher软件进行极速DNA序列拼接
熊荣川 2014-1-4 17:41
Sequencher 软件进行极速 DNA 序列拼接 作者 :梁茜茜 中国科学院成都生物研究所 编辑 :熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 1、 打开软件,在 File 的 Import 中点击 Sequences 或者 Fol ...
个人分类: 我的研究|13040 次阅读|没有评论

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