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未分类| 生活点滴| 翻译作品| 我的研究| 明湖实验室|
R语言去掉系统发育树的特定类群tip
熊荣川 2014-5-2 19:48
R 语言去掉系统发育树的特定类群 tip # 作者信息 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 生物信息学上构建系统发育树通常分析多个类群的关系。而当辛辛苦苦把系统发育树建好之后，我们往往在特定的研究中想知道去掉某些特定的 ...
个人分类: 我的研究|6420 次阅读|没有评论
R语言设定系统发育树外群
熊荣川 2014-5-2 16:49
R 语言设定系统发育树外群 # 作者信息 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 生物信息学上构建系统发育树通常需要使用外群以确定“进化方向”或是给系统发育树定个根。下面是 R 语言 ape 包中一个简单的例子 ...
个人分类: 我的研究|7308 次阅读|没有评论
R语言设置系统发育树节点支持率的位置
熊荣川 2014-5-2 16:32
R 语言设置系统发育树节点支持率的位置 # 作者信息 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 生物信息学上构建系统发育树的方法有很多，如邻接法、最大简约法、最大似然法、贝叶斯法等等。在相当多的案例里面，针对同一 ...
个人分类: 我的研究|6310 次阅读|没有评论
交流，请先作自我介绍
热度 2 熊荣川 2014-5-1 10:21
#作者信息 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 博士毕业论文送审的时候，硬着头皮向一些老师介绍的专家发短信、邮件以争取批评指正。短信或者邮件的开头总是简短的作一下自我介绍，搬出自己的导师以及学校和评阅专家套个近乎。所以常常使 ...
个人分类: 我的研究|3665 次阅读|3 个评论 热度 2
R语言根据经纬度获得海拔数据
熊荣川 2014-4-29 08:21
#R 语言根据经纬度获得海拔数据 # 编者信息 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz Google earth 上可以很容易的获得经纬度信息，但是海拔高度却不能直接提供，但据说其数据库中是有相应的海拔高度的数据的，下面是 R 语言爱好 ...
个人分类: 我的研究|11819 次阅读|没有评论
R语言构建遗传距离似的矩阵表格
熊荣川 2014-4-24 15:29
R 语言构建遗传距离似的矩阵表格 #作者信息 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz # 预装函数 #有时候我们需要做一组数据内部的两两比较，比较结果的呈现通常有两种方式，一种是类似于系统发育生物学上常常用到的遗传 ...
个人分类: 我的研究|5573 次阅读|没有评论
肥胖就是病——从进化的角度
热度 1 熊荣川 2014-4-22 08:56
熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 我们研究生物学或者物种进化，主要目的之一是为了为人类自身发展提供一定的指导意见。但是往往，很多其它生物研究的规律“不适用”于人类，例如很多动物都是雄性长得好看，色彩鲜艳，而 ...
个人分类: 我的研究|3741 次阅读|1 个评论 热度 1
R语言绘制拟合直线及相关性分析
熊荣川 2014-4-8 10:42
R 语言绘制拟合直线及相关性分析 # 作者信息 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz # 使用方法 x y 680 3314.07 1200 3270.47 1200 3456.4 1800 2293.8 ...
个人分类: 我的研究|19818 次阅读|没有评论
一些生物学定理，希望对你有所启发
熊荣川 2014-4-6 21:18
生物学定律 距离隔离模型 （ Isolation by distance ） 根据距离隔离模型（ Isolationby distance ； Wright ， 1943 ） ，分布很广的物种，即使在没有地理屏障（ Geographical barriers ）的情况下，由于物种实际的迁移距离远小于其分布的空间范围，从而不能在其整个分布范围内形成一个单一的 ...
个人分类: 我的研究|8091 次阅读|没有评论
R语言进行随机抽样
熊荣川 2014-4-5 22:17
R 语言进行随机抽样 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz x - 1:12 # 预设一个数组 sample(x,4, replace = TRUE) # 可重复抽样 8 7 3 8 sample(x,4, replace = FALSE) # 不可 ...
个人分类: 我的研究|14153 次阅读|没有评论
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