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未分类| 生活点滴| 翻译作品| 我的研究| 明湖实验室|
如何解读TCS单倍型网络图
熊荣川 2017-8-2 17:37
如何解读TCS网络图 # 编者信息 熊荣川 明湖实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz —— 一篇PNAS文献范例 编译： Bearjazz 在研究种下水平的系统发育关系时，常常使用网络图来探究种群间的基因谱系关系。其中 TCS 是一款较为简单易用的 ...
个人分类: 我的研究|31509 次阅读|没有评论
R语言构建单倍型网络
熊荣川 2017-8-2 17:29
# 编者信息 熊荣川 明湖实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz library(haplotypes) path = D:/ziliao/R语言 学习/R语言构建单倍型网络 setwd(path) x-read.fas(file=DatasetB03.fas) p-parsimnet(x,prob=.97) #设定遗传距离阈值分割网络 plot(p,ne ...
个人分类: 我的研究|9688 次阅读|没有评论
Mrbayes出错原因
熊荣川 2017-7-22 14:38
# 编者信息 熊荣川 明湖实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 有段时间没用Mrbayes建树了，最近再使用时老是出现一个问题： Could not open file DatasetA03.nex.run1.p 使用时老是说无法打开这个文件，我以为是系统问题，便重新安装了好几回Mrb ...
个人分类: 我的研究|7498 次阅读|没有评论
R语言新加入的数字在序列中的位置提取
熊荣川 2016-6-2 11:56
R语言新加入的数字在序列中的位置提取 #作者信息 熊荣川 明湖实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz #预装函数 #有时候我们合并一个数字到一组数字中，想知道合并后它在其中的位置，以下R语言小程序就可以实现这样的中能，它返回的数字就是该数字在与特定一组数字合并数据 ...
个人分类: 我的研究|9800 次阅读|没有评论
R语言提取genbank大文件的特定行
熊荣川 2016-6-1 09:47
R 语言提取 genbank 大文件的特定行 # 作者信息 熊荣川 明湖实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz # 预装函数 #Genbank 中下载的 gb 格式文件含有序列有关的丰富的信息，但是有时候由于我们的下载关键词过于宽泛，导致下载下来的 gb 文 ...
个人分类: 我的研究|13827 次阅读|没有评论
系统发育学相关工具软件清单（持续更新中）
熊荣川 2016-5-8 10:20
#编 者信息 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 明湖实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 1 、 MEGA: MolecularEvolutionary Genetics Analysis MEGA is an integrated tool for automaticand manual sequence alignment, inferring phylogenetic trees, miningweb-b ...
个人分类: 我的研究|10625 次阅读|没有评论
R语言将ab1文件名表格化
热度 1 熊荣川 2016-4-2 07:05
R语言 将 ab1 文件表格化 # 作者信息 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 明湖实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 背景：我们从基因测序公司拿到的常规测序结果格式往往如下 “ XCB1-A02_COIF_TSS20160322-028-1869_A04.ab1 ” 如果我们批量送 ...
个人分类: 我的研究|10506 次阅读|3 个评论 热度 1
明湖实验室 第一卷 第一期
熊荣川 2016-1-1 16:55
草创寄语 一直想办一本实验室的内部刊物，一直找不到切入点…… 思来想去，决定集全实验室之力做一点外文文献的翻译整理工作， 为哪些觉得英文阅读很吃力的同行…… 为哪些想走马观花了解一点资讯的同行…… 准备仓促，欢迎批评建议和板砖…… MH20150101 臭蛙属一新种及 Odorrana bacboe ...
个人分类: 我的研究|8363 次阅读|没有评论
基础分子生物学复习笔记
热度 1 熊荣川 2015-12-3 14:33
1、mRNA的3’非编码区（3’UTR）有哪些和基因表达调控有关的结构，功能分别是什么？ （1）、MicroRNA response elements（MRE）、MicroRNA应答元件 （2）、AU-rich elements（ARE）、富含AU元件 （3）、Poly(A) tail、多聚腺苷酸 2、请解释什么叫做“ Circularization ofthe mRNA transcript ”？ ...
个人分类: 我的研究|8219 次阅读|3 个评论 热度 1
R语言按照清单生成文件夹
熊荣川 2015-10-10 10:21
R语言按照清单生成文件夹 作者信息 熊荣川 xiong rongchuan 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz # 预装函数 #R语言按照清单生成文件夹 dir.namelist- function(path,intxt){ # ...
个人分类: 我的研究|9371 次阅读|没有评论
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