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R语言将ab1文件名表格化

已有 9603 次阅读 2016-4-2 07:05 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记| R语言, 对应, ab1文件, 表格化, PCR矩阵

R语言ab1文件表格化

#作者信息

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

明湖实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

 

背景:我们从基因测序公司拿到的常规测序结果格式往往如下

XCB1-A02_COIF_TSS20160322-028-1869_A04.ab1

如果我们批量送样的话,其中有我们的这个样品在96孔板上的编号,但是测序仪在测序的时候往往对应的又给这个样一个位置编号(你知道为什么吗?),例如以上这个号中的第一个“A02”,和第二个“A04”都是这个样的位置编号,测序结果回来将ab1和我们的实验样品记录进行一一对应是必须要做的工作,如果要使用R语言提高效率的话,少不了要提取这些位置信息,以下一个R语言函数可以实现将ab1文件名表格化,方面提取相关位置信息。

 

# 预装函数

#R语言将ab1文件表格化

#输入为ab1文件存放的位置,path.ab1,最好不好把它作为当前工作目录

#结果返回一个表格mat

 

mat.ab1 <- function(path.ab1){

……

}


#原始代码已在发布24小时后删除

 

#使用方法

path = "D:……"

path.ab1 = "D:……"

setwd(path)

mat = mat.ab1(path.ab1)

 




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