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R语言本地blast结果文件整理成表格

已有 6234 次阅读 2014-3-1 11:05 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记| R语言, 表格, 整理, 本地blast, 结果文件

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

 

本地blast因为不需要联网,且运算数据较快而受到欢迎,但是,操作上有诸多不便,其中之一就是结果为文本结果,手动转化成表格形式较为繁琐,也不利于大数据情况下的操作,因此我们撰写了R语言函数LBlastF2Tab以方便这一转化,使用方法如下



#使用方法

首先预装R函数LBlastF2Tab

函数源代码地址http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=7041661


LBlastF = "AB043889"   # AB043889 为本地 blast 产生的结果文件名
outfile = "AB043889.csv"    #设置生成表格的文件名
LBlastF2Tab(LBlastF,outfile)    #调用已经预装的函数 LBlastF2Tab





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