GenGIS:地理信息与进化树的结合

作者：一枝梅

中国科学院成都成都生物研究所

kinglyyang@yeah.net

编辑：熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

导言：目测从事分子进化领域的新手，对GIS不甚了解的大有人在。而将地理信息与分子进化信息结合在生物地理和分子分类等领域是一种很直观的方式。GenGIS作为一个免费开放的共享软件在这一方面表现出了功能丰富和上手简单的特点。

完成图：

准备工作：

（1）      GenGIS软件 from http://kiwi.cs.dal.ca/GenGIS/Main_Page;

（2）      底图：最简单的获取方式是来自地理信息网站（如Nature Earth）；也可以通过其它制图软件获得（如ArcGIS或MapMaker）

（3）      打点信息：依下图所示，其中经纬度信息是打点必需的，保存为csv格式

（4）      进化树文件：这个做分子进化的童鞋应该比较了解：）常规格式即可

NOTE：进化树上代表每一枝的名称必须是地点ID，与打点的ID一致

（5）      统计信息：用于制作完成图中的饼状图，其科学意义完全可以自定，可以是单倍型数et al.其中地点ID与前两项必须一致；饼状图中的任一项可在Sequence中给一个symbol，并且在score中赋相应的值；在Count中则是每一项的统计个数（用于统计饼状图）；每一个地点的任一项为一列，保存为csv格式

（6）      打点：依图所示，点击Load Raster Map将图片导入，默认的是3D显示，为了更直观将其改为2D显示；对某些图片颜色不满意，可以通过右击左边控制栏的Map再单击properties编辑地图显示颜色

地图倒入编辑完毕后，再选择上方的Load Location按钮，然后将地点信息的csv文件导入，打点完成，地点的显示同样可以通过properties来修改，如图所示：

（7）      导入进化树：直接选择Load Tree按钮即可，默认导入的进化树是3D显示的，立于地图上方，为了直观显示，需要进入properties中将其改为2D，并调整其颜色样式

（8）      导入统计信息：此例中为单倍型信息，直接点击Load Sequences按钮即可，编辑方式同进化树的编辑一致，可以直接在地图上拖动；这一步骤完成后图片制作也就大功告成了