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使用R语言构建简单的NJ树

已有 6113 次阅读 2013-3-25 17:21 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记

使用R语言构建简单的NJ

 

熊荣川

xiong rongchuan

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

 

path = "D:/ziliao/优先阅读/R语言学习/R语言与系统发育/使用R语言构建nj"

setwd(path)

library(ape)

library(seqinr)

Aln = read.alignment(file ="Chou.fas", format = "fasta") 

Dnj = dist.alignment(Aln, matrix =c("similarity", "identity")) #计算距离矩阵

Otr = nj(Dnj) #使用 Saitou andNei (1987)方法构建NJ

plot(Otr)

Otr2 = bionj(Dnj) #Gascuel (1997)构建NJ

plot(Otr2)

 



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