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在R语言中有选择性地显示系统发育树的节点支持率

已有 4061 次阅读 2013-3-23 15:01 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记| R语言, 系统发育树, 显示, 节点支持率, 有选择性

R语言中有选择性地显示系统发育树的节点支持率

 

 

熊荣川

xiong rongchuan

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

 

使用生物信息学构建的系统发育树通常应用节点支持率来讨论一定的生物学问题,然而支持率太低,其生物学意义就不到了。所以很多科学文献中通常会有选择性的在系统发育树上显示节点支持率——显示较高的,省去较低的。许多软件里面通常有这样的功能,如mega5之类,下面讲讲如何在R语言中如何实现

 

library(ape)

Otr <-read.tree("chou.nwk")  #读入系统发育树

plot(Otr,show.node.label = T) #输出系统发育树,并显示节点信息

#如上图,我们希望小于0.5的节点支持率不被显示

 

Otr$node.label #查看中间节点信息

[1] ""       "1.0000" "0.4110""1.0000" "0.7520"

 

index = Otr$node.label<0.5  #找到支持率小于0.5的节点位置

Otr$node.label[index] = ""  #节点支持率小于0.5,则直接复制为空

 

plot(Otr,show.node.label = T) #输出系统发育树,并显示重新配置后的节点信息

 



https://wap.sciencenet.cn/blog-508298-673135.html

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