R语言中提取系统发育树的各种信息

熊荣川

xiong rongchuan

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

library(ape)

Otr <-read.tree("chou.nwk")  #读入系统发育树

plot(Otr,show.node.label = T) #输出系统发育树，并显示节点信息

Otr$tip.label  #末梢信息

[1] "DQ650503""DQ650501" "DQ650500" "DQ650545""DQ650547" "DQ650546"

Otr$edge #支系节点信息

     [,1]   [,2]

 [1,]   7    8

 [2,]   8    9

 [3,]   9    1

 [4,]   9    2

 [5,]   8    3

 [6,]   7   10

 [7,]   10   4

 [8,]  10   11

 [9,]  11    5

[10,]  11    6

Otr$edge.length #支长

[1] 0.07659315 0.00000000 0.001899570.00000000 0.00000000 0.07660045

[7] 0.00000000 0.00094696 0.000945320.00094532

Otr$node.label #中间节点信息

[1] ""       "1.0000" "0.4110""1.0000" "0.7520"

Otr$root.edge  #根部支系长度，这里是无根树，所以结果NULL

NULL