博文

approximate Likelihood-Ratio Test 和 standard bootstrap区别

2013-3-7 00:46

aLRT (parametric bootstrap)和 standard bootstrap(nonparametric bootstrap)的区别，aLRT 是phyML计算支持率的另外一种方法，其中Chi2-based aLRT (approximate Likelihood-Ratio Test) for branches 得到的支持率比较松散，SH-like 得到的比较相近 -b (or --bootstrap) int int = -1 : approximate lik ...

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Unifrac软件PCA分析中unweighted和weighted说明

2013-3-5 11:11

Unifrac PcoA 分析中 unweighted 说明，不同环境之间的差异是根据不同环境特有的分支长度来区分的。 The UniFrac Metric Calculating the UniFrac metric. The majority of options in the UniFrac interface make comparisons based on the UniFrac metric. The UniFrac metric measu ...

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Cipres——集成的网上系统遗传学计算平台

2013-3-5 11:05

Cipres 是一个网上服务器，可以提供很多的 phylogenetic analysis tools. 类似于phylemon平台 linking:http://www.phylo.org/index.php/portal/ 以下是他提供的各种计算服务： BEAST on XSEDE (1.7.4) - Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees - run ...

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Jmodeltest 和 protest ——计算进化树最适合的nt或者aa替代模型

热度 2 2013-3-5 10:09

Jmodeltest 和 protest 是一对计算进化树最适合的 nt 或者 aa 替代模型的软件，同时有单机版和 server 版。下面是一些软件的说明信息和使用方法： Jmodeltest download ： http://code.google.com/p/jmodeltest2/wiki/GettingStarted Jmodeltest se ...

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