Jmodeltest 和 protest 是一对计算进化树最适合的nt或者aa替代模型的软件，同时有单机版和server版。下面是一些软件的说明信息和使用方法：

Jmodeltest download：

http://code.google.com/p/jmodeltest2/wiki/GettingStarted

 

 

Jmodeltest server: phylemon 2.0

 

 

http://bioinfo.cipf.es/fransua/Courses/doku.php?id=start

 

Evolutionary Genomics Laboratory of the Principe Felipe Research Center. Valencia, Spain.

 

http://phylemon.bioinfo.cipf.es/    上传文件需要是phy 文件（protein文件中不能出现*）才能计算得到phyML tree

并且现在有了phyML best AIC, 一键就可以完成作树

使用说明：http://blog.csdn.net/jiuyizhizhu/article/details/5898013

          http://blog.csdn.net/jiuyizhizhu/article/details/5898013

 

 

prottest download：

 

http://code.google.com/p/prottest3/

 

Protest model test server:

http://darwin.uvigo.es/software/prottest2_server.html  上传文件需要的是phylip文件，可以用bioedit另存为比较高阶的phy文件（phylip 4.0）

phylemon 2.0 中也有对应的prottest

 

 

 

Akaike Information Criterion (AIC), Bayesian Information Criterion (BIC) score or Decision Theory Criterion (DT)是主要的模型选择的参考标准，主要看AICw和deltaAIC参数，最适的模型的deltaAIC为0，其中各种模型的add constraints条件:

在单机版中可以看到更多的信息，其中AICc 代表second-order Akaike

AICc-1选alignment length 作为sample size的标准，带F附加模型的都被排到 了后面，说明sample size isn’t enough for supporting the addition  of  the  +F  extra  parameters  in  those  models.下面是更多的解释

 

 

 

 

 

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