博文

embl中的植物变异数据

2015-6-29 16:45

使用R来操作，得安装biomaRt模块，biomaRt是个什么东西，可以看下这个文件（ The biomaRt user’s guide.pdf ）。下面是操作过程，回头再来梳理其中相关的一些东西。 1 进入R系统： 2 把biomaRt调入： library(biomaRt) 3 利用命令listMarts(),调出所有的数据库和相关描述： listMarts() ...

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Nature method 专门介绍Bioconductor的文章

2015-1-30 11:41

文章标题： Orchestrating high-throughput genomic analysis with Bioconductor 链接： http://www.nature.com/nmeth/journal/v12/n2/full/nmeth.3252.html?WT.ec_id=NMETH-201502 Bioconductor是一个用R语言写的用于生物信息学分析的相关软件的集合体。好东西啊，有兴趣的朋友可以去瞧瞧，我也安了，但还没怎么用 ...

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把GFF3文件导入MySQL数据库

2015-1-29 10:13

什么是GFF3?这个一种序列注释文件的格式，基因组注释数据常常会用这种格式来记录序列注释信息，关于这种格式的更多信息，可以在这里学习： http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml 这里简单说下，怎样把GFF3文件导入MySQL数据库，导入了以后使用比较方便。我用 ...

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利用MySQL库分析关于水稻基因的研究（六）

2014-10-6 23:36

哪些期刊发表过关于水稻基因的文章，数量有多少？今天用了一个我以前没有用过的SQL查询语句来回答这个问题。 先建立一个空表，表名为： journal_refnumber_14922。 这个表有两个字段：journal_name,期刊名字；ref_numbers,期刊中报道的文献数量。journal_name的定义方式和ref ...

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利用MySQL库分析关于水稻基因的研究（五）

2014-10-5 23:19

我想让这个数据库帮我回答一个问题？到底有多少水稻基因克隆了。这里克隆的含义是：序列已知功能已知。所以我用下面的SQL语句进行搜索： SELECT Journal , Oryzabase_ref_id , Title , COUNT ( DISTINCT trait_gene_id ) &nbs ...

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利用MySQL库分析关于水稻基因的研究（四）

2014-10-4 20:49

一篇文献里可能报道多个基因（或者准确的说会出现多个RAP_id）,利用建立好的MySQL数据库可以产生一张新表，这张表可以给出每篇文章包含多少个RAP_id.这个表像下面这个样子： journal_name Oryzaref_id year title_name rap_id_number Plant Physiol. 31151 ...

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利用MySQL库分析关于水稻基因的研究（三）

2014-10-4 00:01

前面两篇博文，介绍了数据的来源及把数据导入MySQL数据库的方法，对并涉及的基因表和文献表进行了简单的介绍。当然，如果只想简单的查下数据库里的基因或者文献。这两个表也可以用EXCEL打开，只是查询和分析没那么方便罢了。用MySQL不是那么容易入手，但入门了以后，会发现这个会比EXCEL方便得多。 ...

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利用MySQL库分析关于水稻基因的研究(二)

2014-10-1 17:10

本来是想写在一篇博文里，但是好像内容多了点，所以得分成几篇来写。上篇写基因数据库（表genelist_14922）的一点概况,以及与此相关的一些东西。后面还会对这个数据库进行些分析，所以这里先按下不表。先来看看和基因数据库关联的文献数据库（reflist_14922）。这个表共有29173行。是不是有29173篇文章呢？ ...

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