博文
- 人在“羊”途
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- 导读：没想到疫情控制一放松，我就成为第一批先阳起来的人。人在“羊”途，人生又一次新的体验... AI画的两幅画：人在🐑途。 背景 深圳湾实验室的临时和永久场地都不在深圳湾，而是在光明区。深圳计划在光明区创建科学城，深圳湾实验室作为科学城里的一部份，就座落在这里了。光明区作为一个开 ...
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AI的光辉还没有照亮RNA结构预测：CASP 15比赛结果详解
- 导读 ： RNA 结构预测可能比蛋白质结构预测更重要，因为核酸药物、靶向 RNA 小分子药物的开发都需要 RNA 结构预测；对于基础研究来说就更重要了，如果没有结构的信息来引导，我们对人体内的绝大多数非编码 RNA 都一无所知。今年暑假， CASP 15第一次对 RNA 结构预测进行了 比赛，比赛结果在今天 12月 12 ...
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为什么姜还是老的辣：CASP 15蛋白质结构单体预测结果分析
- 2022年最新一轮的蛋白质结构预测比赛（CASP15）的结果在12月10日-13日的会议中将陆陆续续的公开。在CASP网站上，已经公布了蛋白质单体结果预测结果的排名。前三名分别是山东大学杨建益为首的Yang-Server,密歇根大学Wei Zheng, Qiqige Wuyun,和Pete ...
- 强买强卖的中国移动
- 中国移动 有近10亿客户，是中国 最大的 通信服务供应商，据说是盈利能力领先、市值排名位居前列的世界级电信运营商。现在我有点明白盈利能力领先是怎么来的了。 我是多年的移动客户，回国后挑选了一个80元左右的套餐，不久就莫名其妙地变成128元了。我每个月用极少的流量和电话分钟，因此想换套餐，在手机APP里居然只 ...
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痛并快乐着：蛋白质结构预测的边角故事
- 导读 ：2020年底，AlphaFold2在蛋白质结构预测的CASP比赛中实现了高精度预测，使得一个平时默默无闻的小众学科变成了家喻户晓的明星。 AlphaFold的成功 是结构预测这个领域多年来的量变所导致的质变。其中二个重要的量变是从预测分类转变到预测连续的边和角（原子间距离和二面角）。这里，我主要讲讲首先实现的连续 ...
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抛弃“影响”因子，计算颠覆因子！
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- 导读 ：全世界科技界受“影响”因子的毒害久矣：追热门、跟风向、造新闻、编故事。已经有科学家开发、验证的颠覆因子，却不被以盈利为目标的公司使用！呼吁有人才、有实力的企业、单位（例如中国科学院文献情报中心、百度、腾讯、华为等）根据期刊发表文章的“颠覆”因子来倒逼期刊发表、鼓励大家从事、多样性的、踏踏 ...
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怎样推动“从0到1”的原始创新？从基于AI神经网络的蛋白质从头设计说起
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- 导读 ：现在全国上下都在提倡推动“从0到1”的原始创新，提升基础研究的水平，但是到底什么是“从0到1”，什么是“从1到N”？见仁见智，并没有什么很清晰的分界线，毕竟绝大多数的研究是站在前人工作的肩膀上。这里我讲一讲我们课题组是怎样开始使用神经网络进行蛋白质从头设计（De novo protein design）的，希 ...
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我永远的神
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- 我太太是山东人。我认识的山东人，除了爱喝酒，就是喜欢吃面食了，特别是饺子，可以说是面食之王了。我太太也从小就特别喜欢吃饺子，常常因吃撑了而胃疼。后来她妈不得不限制她可以吃的个数，一次最多只能十个。我太太常说，饺子蘸蒜泥，是世界上最好吃的东西。 作为一个传承，她妈妈从小就让她学做面食，并教育说，“ ...
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切蛋白质分子，用牛刀能切出什么？
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- 导读： 俗话说杀鸡不用牛刀。假如用了牛刀，无论从哪里下刀，即一刀两断，这两块也无法自我组合满血复活，除非在恐怖片里；但是如果有医生在场紧急缝合，也许可以复活。在分子生物里面，一刀切向蛋白质所形成的两段，有“医生”帮助下能够复活的叫做辅助互补片段；在恐怖片中自我复合复活的叫做自我互补片段。我们课题 ...
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回国半年的感悟
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- 年年中秋，今又中秋，今年月儿分外圆。今年中秋是我出国36年后第一个在国内度过的中秋节日。全职回国工作半年 ， 得到了众多旧雨新知的关怀，感谢朋友们的帮助，祝大家中秋月圆梦圆。这里 我 记录一下回国的感悟。 半年来，首先明显感觉得到的是国内科研水平的飞升。回国后，我已经参加了多次会议，也访问了一 ...
