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自从1996年以来一直在学术界和工业界做蛋白质结构相关的计算生物学研究和技术支持工作,2014年末重新回到学术界并转到完全不同的基因组生物信息学领域。基因组及其相关领域(譬如,元基因组(metagenome))研究方向和人员众多,为了能够尽快出点东西,我选择在前人工作的基础上开发新工具。经过一年多的努力,总算完成了原核生物基因组插入序列自动识别工具ISEScan的开发,并发布到github上供感兴趣的人下载使用(https://github.com/xiezhq/ISEScan)。同时,对于所开发的ISEScan工具和现有工具的比较也总结整理为一篇文章,详细解释了ISEScan的原理,优势,及有待改善之处,并用2000多个原核生物基因组以及人类身体菌群元基因组等数据对ISEScan进行了测试和分析,供用户参考。
我本人对ISEScan的效果还是比较满意的,虽然从它的原理方法到用户界面都还有很大的优化改进空间。从很多ISEScan用户咨询的问题来看,最需要改进的应该是用户界面的问题。我最近一直想做一个简单易用的ISEScan的web服务,以便让更多没有任何Linux软件安装经验的研究人员通过点点鼠标就可以用ISEScan来帮他们分析感兴趣的基因组和元基因组数据。遗憾的是一直没有时间能够做成这个web服务。其实,内心非常希望有大量的用户使用自己开发的工具,希望自己开发的工具对别人有用。发表文章和开发工具,如果没有什么人使用,也没有人引用,那科研和开发的成就感也就没有了,那我发表文章和开发工具就真的只剩下养家糊口的意义了。
我也想和所有做研究和技术开发的朋友们说,大家都来宣传自己的研究和项目工作,让更多的内行和外行了解自己的研究工作和项目,让自己的工作得到更广泛的传播和应用。
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