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开发计算生物学软件的建议

2016-1-1 12:45

开发计算生物学软件的建议 Cliff Gao 本文是总结《Ten simple rules for effective computational research》十条建议。 参考文献: Osborne JM, Bernabeu MO, Bruna M, Calderhead B, Cooper J, Dalchau N, et al. (2014) Ten Simple Rules for Effective Computational Research. PLoS Comput Biol 10(3): &n ...

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大学时光摘录

2015-12-31 07:10

大学时光摘录 Cliff　Gao 大学时代多半能决定你此后的人生道路。生命只有一次，大学时代不会重来，能不重视吗？--章开沅 以上摘自： http://www.huochai.mobi/p/d/1214134/?share_tid=8403ba8e9e31fmid=0 大学这四年，可能是一生中拥有最多可以自己掌控的时间的阶段。希望你们务必把握这四年的时间，培养自 ...

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数学名言搜集

2015-12-31 06:47

数学名言搜集 Cliff Gao 在大学教数学，我们应该教学生什么？不容置疑，要介绍数学的重要的结果，漂亮的方法，巧妙的技巧，和广泛的应用。但我认为，最重要的是介绍数学的思想。 --袁亚湘 数学最富有吸引力，最迷人，最具有威力，也是最本质的就是她的思想。 --袁亚湘 ...

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python 字典顺序不变

2015-12-10 13:56

python 字典顺序不变 Cliff Gao from collections import OrderedDict d2=OrderedDict() d2 =33 d2 =20 d2 =102 d2 =321 d2 =10 d2 ### 输出结果 ###OrderedDict( ) for key,val in d2.iteritems(): print(key,val) ###输出结果 ##('ac', 33) ##('gw', ...

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vim 自动添加表头

2015-11-21 13:10

Vim 自动添加表头 作者: Cliff Gao 以*.py 文件为例， 将下面代码复制到 ~/.vimrc 中 （如果找不到.vimrc 可以自己创建一个） function BufNewFile_PY() 0put='#!/usr/bin/env python' 1put='#FileName: '.expand('%') 2put='#Aut ...

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EM 算法一个例子

2015-11-14 07:53

EM 算法一个例子 EM in R 参考以下网页并翻译，其中变量稍作修改。 http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/1001_3177e85f5e4840be840c84452780db52.html 假设： 有一枚硬币，以25%的概率面朝上(heads）， 75%的概率面朝下（tails). 如果面朝上，服从均值为1，标准方差为1 的正态分布， ...

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EM 算法

2015-11-13 17:10

摘自：以下课程 教师： Andrew Ng. 课程主页 http://cs229.stanford.edu/ 课程材料 http://cs229.stanford.edu/materials.html EM算法： 作者 Andrew Ng. 预备知识：Jensen不等式 如果f(x) 是个凸函数(convex function)，X是随机变量，那么 E =f (E ). &nbs ...

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PBS 系统

2015-10-22 10:02

PBS protable Batch System. 1PBS 命令： 1. qsub 用于提交作业 2. qstat 用于查询作业状态 3. qdel 删除已经提交的作业 qdel jobnumber 该命令删除自己提交的所有任务. qselect -u username | xargs qdel 4. qmgr 队列管理 2PBS 脚本例子 ...

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contact Number Contact Order Contact Map

2015-10-6 06:24

Contact Number: The contact number of an amino acid residue in a protein structure is defined by the number of C(beta) atoms around the C(beta) atom of the given residue, a quantity similar to, but different from, solvent accessible surface area. from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

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