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历届 生物信息学大会
高建召 2016-10-8 06:53
历届全国生物信息学学术大会 Cliff Gao 前言: 致谢:部分内容参考孙之荣教授的ppt。 热烈庆祝:第七届全国生物信息学与系统生物学学术大会在成都于2016年10月7日-10月9日在成都召开。 感想:回头梳理一下,感觉时光荏苒,白驹过隙。 第0届,国内最早的生物信息学学术会议:《华北地区生物信息学研讨会》,199 ...
个人分类: bioinformatics|3356 次阅读|没有评论
matplotlib 标签超出画布
高建召 2016-10-3 00:48
matplotlib 标签超出画布 可在保存图片之前加入这一句: plt . tight_layout () 参考原文:http://matplotlib.org/users/tight_layout_guide.html 示例图1: To prevent this, the location of axes needs to be adjusted. For subplots, this can be done by adjusting the subplot ...
个人分类: python|5888 次阅读|没有评论
blast 本地化 格式化数据库 自建数据库 formatdb
高建召 2016-8-5 03:36
formatdb 参考: 博耘生物 » 《blast本地化:格式化数据库(formatdb详解)》 参考: http://boyun.sh.cn/bio/?p=1483 格式一个蛋白质数据库 formatdb -i protein_db_file_name.fasta -p T -o T 格式一个核酸数据库 formatdb -i acgt_db_file_name.fasta -p F -o T
个人分类: bioinformatics|3162 次阅读|没有评论
python 复制到linux 错误 : No such file or directory
高建召 2016-7-20 22:52
参考: http://www.cnblogs.com/HeDaoYiWenZi/articles/2855965.html 该文有详细的描述。 解决方案: 运行  dos2unix a.txt 问题描述: 在window下写好的python 脚本,复制到linux下运行时,出现如下错误: No such file or directory. 问题原因: 脚本的首行 ...
个人分类: python|2437 次阅读|没有评论
sendmail 命令
高建召 2016-5-23 07:41
sendmail 命令 CliffGao 参考: http://blog.csdn.net/kevinew/article/details/9147969 cat yourEmailContent.txt uuencode yourAttachment.txt |sendmail -t SentEmailName@example.com yourEmailContent.txt 内部可以指定发件人、主题等: From: fromEmailName@example.co ...
个人分类: linux相关|2018 次阅读|没有评论
biopython 中文教程
高建召 2016-4-28 14:08
biopython 中文教程 http://biopython-cn.readthedocs.io/en/latest/cn/chr01.html 比对模块 http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.pairwise2-module.html from Bio import pairwise2 alignments = pairwise2.align.globalxx( ACCGT , ACG )
个人分类: bioinformatics|4468 次阅读|没有评论
xmgrace
高建召 2016-4-20 16:03
xmgrace 参考: http://blog.sciencenet.cn/blog-548663-912350.html 1. 画多条曲线 文件有多列 x, y1, y2; 文件必须空格分开. xmgrace -nxy filename. 2. 指定列作图 xmgrace -block file.dat -bxy 1:3 3. 制作散点图 xmgrace a.txt a.txt 0 1 1 2 2 3 如果有多个文件数 ...
个人分类: 论文写作相关|5496 次阅读|没有评论
sed
高建召 2016-4-17 15:13
Sed 是 stream editor 简称. 1. 替换 sed 's/day/night/' old new 2 斜杠(/)作为分隔符 s 后面的字符常用做分隔符. 通常我们会使用斜杠(/). 当然你可以使用任何的符号. 例如我们将目录/usr/local/bin 换为 /common/bin . 你需要使用反斜杠()来引用斜杠. s ...
个人分类: linux相关|1402 次阅读|没有评论

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