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Biopython 从蛋白质结构得到序列
高建召 2020-3-22 19:54
中文教程网站: https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html 从PDB文件中获取 蛋白质序列有以下两种形式: 1.一种以C-N 模式; 2. 一种是CA-CA模式。 from Bio import PDB #UsingC-N ppb= PDB.PPBuilder() forppinppb.build_peptides(structure): ...
个人分类: python|1341 次阅读|没有评论
SPOT-1D 安装-II
高建召 2020-3-22 19:22
SPOT-1D 安装II (0) 需要准备的软件: 到此网站下载 : https://sparks-lab.org/downloads/ SPOT1D; SPOT-Contact ; SPIDER3_local ##Spider3 有两个版本 SPIDER3_local 和 SPIDER3-Single(numpy) ,应该使用SPIDER3_local 版本。 ##single版本精度稍差。 (1) 首先安 ...
个人分类: 计算结构生物学|1074 次阅读|没有评论
Anaconda 添加清华源
高建召 2020-3-15 09:12
Anaconda添加清华源 condaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ condaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ condaconfig--setshow_channel_urlsye ...
个人分类: python|3704 次阅读|没有评论
安装 SPOT-1d 遇到的问题
高建召 2020-3-12 22:23
安装 SPOT-1d 遇到的问题 安装 anaconda +tensorflow 很好的教程: https://my.oschina.net/u/876354/blog/1924805 使用 conda 来安装软件包。 一般来说,尽量不要混合使用 conda和pip安装。 如果conda实在找不到这个软件包,再使用pip install 需手动安装 tqdm pandas # https://blo ...
个人分类: bioinformatics|1558 次阅读|没有评论
RNA-seq 测序数据表达数据类型
高建召 2020-3-11 14:17
参考: https://www.omicsclass.com/article/1059 https://www.jianshu.com/p/751487db59b5 TCGA的 RNA-Seq 转录组表达数据中,有三种 HTSeq-Counts, HTSeq-FPKM,HTSeq-FPKM-UQ Counts:比对到exon上的reads 数目。 FPKM Fragment Per Kilobase of transcript per Million mapped reads. 主 ...
个人分类: 癌症|1667 次阅读|没有评论
生存分析中 摘记
高建召 2020-3-10 22:11
(1) 如果遇到: Errorinsurvdiff(surv.dfs~group):Rightcensoreddataonly Errorincoxph(surv.dfs~group): Coxmodeldoesn'tsupportmri ...
个人分类: 癌症|1908 次阅读|没有评论
keras validation n-fold cross validation
高建召 2019-12-30 16:10
参考: https://machinelearningmastery.com/evaluate-performance-deep-learning-models-keras/ (1)一种自动划分 训练集、验证集 # Fit the model model . fit ( X , Y , validation_split = 0.33 , epochs = 150 , batch_size = 10 ) (2)还 ...
个人分类: Machine Learning|1779 次阅读|没有评论
Ubuntu 修改python3为默认的python
高建召 2019-12-29 21:26
参考: https://jingyan.baidu.com/article/7082dc1cd8139ee40a89bdb5.html 设python3 为默认的python sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3 150
个人分类: python|1263 次阅读|没有评论

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