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安装 SPOT-1d 遇到的问题

已有 3483 次阅读 2020-3-12 22:23 |个人分类:bioinformatics|系统分类:科研笔记


安装 SPOT-1d 遇到的问题


安装 anaconda +tensorflow
很好的教程:

https://my.oschina.net/u/876354/blog/1924805

使用 conda 来安装软件包。

一般来说,尽量不要混合使用 conda和pip安装。

如果conda实在找不到这个软件包,再使用pip install
 

需手动安装 tqdm  pandas


# https://blog.csdn.net/weixin_42001089/article/details/81807197



问题:

使用pip 安装tensorflow 太慢;或者如下错误信息

pip install tensorflow network unreachable


解决方法:可以使用国内的源

pip install --index-url https://pypi.douban.com/simple tensorflow

类似地,

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple numpy



问题:

pickle.load(f) typeerror a bytes-like object is required not 'str'

这是因为使用了 python3来读取 python2 存储的pickle文件。

解决方法:

import pickle

picklefile=open('YourFile.pk','rb')

data=pickle.load(picklefile,encoding='iso-8859-1')

print (data)

参考: https://blog.csdn.net/accumulate_zhang/article/details/78597823?depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task&utm_source=distribute.pc_relevant.none-task



问题:

tensor flow版本问题   以及:

RuntimeError: Exporting/importing meta graphs is not supported when eager execution is enab when eager execution is enabled.


解决方法:

import tensorflow.compat.v1 as tf
#To make tf 2.0 compatible with tf1.0 code, we disable the tf2.0 functionalities
tf.disable_eager_execution()


运行之后发,先比较慢,

现象:

sys:1: DtypeWarning: Columns (0,1) have mixed types. Specify dtype option on import or set low_memory=False.

解决方法:

在pd.read_csv 命令中添加  low_memory=False

import pandas as pd
pd1 = pd.read_csv('your.csv', )



### 运行

conda activate YOUR_Environment (tf)

./run*.sh

conda deactivate


现象:

ValueError: Object arrays cannot be loaded when allow_pickle=False

解决方法: 1.16.1 或者 1.16.2

conda install numpy=1.16.2


现象

python2  python3 print问题

解决方法

在文件最上面 添加:

from __future__ import  print_function


Run your own fasta file

spider3_pred.py

load_bioinf_data.py


现象 找不到ccmpred

解决方法:自己安装,从以下地址

https://github.com/soedinglab/CCMpred






https://wap.sciencenet.cn/blog-468005-1223208.html

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