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SPOT-1D 安装-II
高建召 2020-3-22 19:22
SPOT-1D 安装II (0) 需要准备的软件: 到此网站下载 : https://sparks-lab.org/downloads/ SPOT1D; SPOT-Contact ; SPIDER3_local ##Spider3 有两个版本 SPIDER3_local 和 SPIDER3-Single(numpy) ,应该使用SPIDER3_local 版本。 ##single版本精度稍差。 (1) 首先安 ...
个人分类: 计算结构生物学|1070 次阅读|没有评论
笔记-3 biology application of protein model
高建召 2014-11-17 07:24
第5章 Biology application of protein model 模型和实验结构有多近? 我们使用过两个函数来描述, RMSD(Root Mean Squared Deviation), GDT-TS. RMSD: 两个蛋白对应的坐标平方和取平均然后开方. 由于它的二次方形式,RMSD有些局限性. GDT-TS 其中, GDT-1, GDT-2, GDT-4,GDT-8 分别表示预测模型 ...
个人分类: 计算结构生物学|2112 次阅读|没有评论
笔记-2 打分函数 及 结构预测的评估
高建召 2014-11-16 19:37
第三章: 常见的打分函数: 接触数打分函数 contact socring functions. 形如 . 如果是蛋白质序列, 是400维的二维矩阵. 距离打分函数 distance-dependent scoring function 目前使用最广的打分函数. A是比对的对象. K是代表相互作用的矩阵. D为分值的范围. 通常这些矩阵式不对称的.这要求 ...
个人分类: 计算结构生物学|3221 次阅读|没有评论
笔记-1 protein fold recognition and Threading
高建召 2014-10-23 11:07
第1章: Protein fold recognition and Threading Fold recognition and threading 是为目标序列指定folds. 通常该序列和已知结构有个低的序列相似度.fold recognition 使用能量函数或者 其他相似分数的方法来比较 目标序列和 fold templates . 具有最低能量函数的模板将作为目标序列的fold。 T ...
个人分类: 计算结构生物学|2523 次阅读|没有评论

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