南开大学乔园园老师的文章《化学信息学与药物发现研究的开放性》（计算机与应用化学，2006，23：1283）和《化学信息学和生物信息学开放性比较》（化学进展,2007，19：624）对比了生物信息学和化学信息学的开放性，讨论了其成因，建议开展开源软件的使用和开发。

我也对于这种现象的成因谈谈自己的看法，造成化学信息学和药物设计软件开源较少的原因有3点：

1、历史条件：化学信息学软件出现较早，虽然没有文献溯源，估计对化学信息的计算机处理应在60年代之前，CA登记号索引系统最早是1965年开始引入的。当时应该是线性编码的时代，在思想上没有开源的概念；在条件上，当时各个机构的计算机硬件和软件系统相差较大（甚至两个系统间没有统一的编程语言），不具备开源发布的条件；当时也没有方便的网络作为发布渠道，所以即便开源，可能的影响和用户数量也很少。所以，此时化学信息学软件处于列国混战时代，各自为政。

2、学科对象：生物信息学的研究对象主要是DNA、RNA、蛋白质序列以及序列间的关系，数据类型和结构简单，采用纯文本以及简单的图论方法即可处理。（当然复杂的生物学问题，需要更多数据的引入）。而化学信息学的研究对象是化学信息，包含分子结构、动态变化、电子布居、能量、图谱、文献等等，数据类型和关系复杂。这一点从两者的数据文件类型即可看出，生物信息学的序列文件种类较为有限，而表示化学分子结构的文件格式可能有数百种之多，各种格式文件其包含的信息内容不尽相同，格式间转换可能会引起信息的丢失。

3、商业利益：化学信息学和药物设计软件的用户主要是各制药公司，因此，化学软件公司的利润有市场保证。相对来说，生物学科产业化要落后于化学工业，生物信息学研究目前以学术单位为主，本身即是软件的开发者也是使用者，市场没有成熟。不过现在这种情况正在发生变化，随着各类新兴公司的加入，药物发现软件的许可价格正逐年下降；而不少生物信息学商业软件投入市场，价格不菲。

如果说多年前，从事理论研究的一个困难是高昂的计算机硬件和软件许可，那么现在真的是理论研究的黄金时刻。计算机软硬件价格都在下降，EMBL-EBI、PubChem、BindingDB等活性数据更是免费获取。关键是能否有好的想法、思路，对这些数据进行分析处理。